馬森，字孔養，懷安人。
父親馬俊，晚年得子，家仆抱他不慎墜地摔死。
馬俊哄騙妻子說“：我的過失啊！”沒有追究仆人的罪過。
過了一年有了馬森。
嘉靖十四年(1535)，中進士，授職為戶部主事，曆任太平知府。
民間有兄弟間訴訟的案子，馬森給他們鏡子命令彼此照照，說“：如果兩個人老了，忍心損傷兄弟情份嗎？”都感激得流淚含羞而去。
又升遷江西按察使。
有位進士寵愛别的女人而殺害妻子，撫按想輕判，馬森最終使他伏法。
曆任左布政使，擢升巡撫右副都禦史。
入朝任刑部右侍郎，改派到戶部。
起初，馬森在江西舉薦布政使宋淳。
宋淳後來巡撫南、贛，因貪贓敗績，馬森因過失調任大理卿。
幾度駁辯疑案，與刑部尚書鄭曉、都禦史周延并稱“三平”。
因病歸鄉，重新啟任南京工部右侍郎。
改派到戶部，督察倉場，不久轉任左侍郎。
以右都禦史身分總督漕運，兼任鳳陽巡撫，晉升南京戶部尚書。
隆慶初年，改任北部的官職。
當時，皇帝登基诏書減免了國家一半的田租。
太倉的年收入減少，不能應付開支，而且京、通二倉的儲藏無幾。
馬森查對搜剔，處理十多件事。
又列出錢谷出入的數目，勸谏皇帝節儉。
皇帝親拟诏書責令他安排處置，馬森上奏：“祖宗的舊制度，黃河、淮河以南地區供給京師四百萬銀兩，黃河、淮河以北地區供給邊關八百萬銀兩。
一年的收入，足以供給一年的費用。
後來邊陲戰事頻