繁，開支逐漸繁多，一變而有外籍部隊的年度給養，再變而有本地部隊的年度給養。
起初的費用隻三百五十萬兩，後來漸漸增至六百三十多萬兩。
屯田的十有七、八受虧損，鹽法也十折四、五，民糧運輸十有二、三被拖欠，全部用補給邊關的年度費用彌補。
在邊關則兵卒馬騎少于往昔，在太倉則輸入之數不及以往，而且耗費數倍于以前。
又下诏書減免賦稅，所以今日宣告匮乏，比往年更甚。
我以前的籌劃，算及锱铢細利，不過是解救燃眉之急，但對國家大體，民衆的元氣，沒有閑暇做進一步考慮。
而當集思廣益，指令朝廷中大臣各陳己見。
”又奏請河東、四川、雲南、福建、廣東、靈州的鹽課事宜。
诏令都依從了他的請求。
皇帝曾經任命宦官崔敏撥戶部的六萬銀兩買黃金。
馬森堅持不贊同，而且聲稱，以往皇帝的诏令都由内閣下發，沒有由司禮徑直傳遞的，此事才休止。
既而皇帝又下令購置珠寶，馬森也極力争辯，沒有聽從。
隆慶三年(1569)，以母親年邁為由請求回家養老送終。
皇帝賞賜他乘驿車歸鄉的禮遇，後來幾度舉薦他都不出山。
馬森任考官時，夏言的女婿出自他的門下，想介紹他見夏言，他辭謝而沒有前往。
嚴嵩聽說後很喜歡他，馬森也沒有趨附。
被徐階看重後，引薦錄用。
居住鄉裡，支持巡撫龐尚鵬施行一條鞭法，鄉裡的人替他修築報功祠。
萬曆八年(1580)去世。
追贈太子少保，谥号恭敏。