申時行，字汝默，長洲人。
嘉靖四十一年(1562)的進士第一。
授職為修撰。
曆任左庶子，負責翰林院的事務。
萬曆五年(1577)，由禮部右侍郎改任吏部職。
當時申時行因為文采與書法而受張居正賞識，含蓄寬容不标新立異，張居正安撫他。
六年三月，張居正準備回鄉安葬父親，奏請擴充内閣大臣，他便以左侍郎兼東閣大學士的身份入閣參與機要事務。
此後，晉升為禮部尚書兼職文淵閣，升任少傅兼太子太傅、吏部尚書、建極殿學士。
張居正攬權很久，操縱部下如同擰去濕水，異己之人全部驅除。
等到張居正去世，張四維、申時行相繼執政，實行寬大政策。
依次召收老練成熟之人，安排在各個職位，朝廷的議論大都稱贊此舉。
然而，此時内閣的權勢很重，六卿大都依從内閣大臣的指向。
諸位大臣由張四維、申時行起用，大臣們對他們的寬大之舉感到高興，大都與他們很友好。
張四維服喪回鄉，申時行任首輔。
餘有丁、許國、王錫爵、王家屏先後同居衙門之中，彼此沒有猜疑。
此前輿論被張居正控制，到此時才得舒緩。
因為張居正一向親近申時行，人們不能不對他有所諷刺。
申時行對外顯出胸懷博大，能夠容人，内心卻本不善良。
皇帝雖然高興言官攻擊張居正的缺點，卻很厭惡别人評論時事，論事的人間或遭貶官。
衆人因此都責備申時行，口語交相辱罵。
諸位大臣又都袒護，申時行堵塞言官之口，言官更加憤怒，申時行因此損害了自己的威望。
萬曆十二年(1584)三月，禦史張文熙曾谏言以前的内閣大臣的四件專橫恣意的事，奏請皇帝永遠将其禁革。
申時行上奏争辯稱“：張文熙稱部院的百官不應該設置考成簿，送交内閣監察、考核；吏部、兵部的解職授任，不應該一一由内閣裁決；督撫巡按辦事，不應該用密揭請教閣臣；内閣中的票拟，應該讓同官知道。
閣臣不稱職應當罷黜，如果合并他們的職權将閣臣全部革職，這是因噎廢食。
至于票拟，沒有不與同官商議的事。
”皇帝也深信如此，廢棄張文熙的提議不用。
禦史丁此呂稱侍郎高啟愚用試題勸張居正即王位，皇帝禦批奏疏後交給申時行看。
申時行