勸告名隹于仁自己辭職，名隹于仁由此幸免于懲罰。
然而奏章留于宮中的做法由此開始。
萬曆十四年(1586)正月，光宗年滿五歲，而鄭貴妃得寵，生了皇三子常洵，頗有萌生争奪嫡宗的心思。
申時行率領同僚再三請求建立儲宮，皇帝不聽。
朝廷大臣因為貴妃的緣故，大都指責宮闱之事，觸怒了皇帝，被嚴厲訓責。
皇帝曾下诏讓臣下直言政事。
郎官劉複初、李懋桧等人明顯觸犯了貴妃。
申時行奏請皇帝頒布诏書，指令各部曹的建議隻議論本部門職權之内的事務，聽任長官選擇性地呈送，不能直接遞交皇帝。
皇帝甚感高興，衆人大都責怪申時行。
申時行連續奏請建立儲宮。
萬曆十八年(1590)，皇帝召見皇長子、皇三子，指令申時行等人到毓德宮觐見。
申時行跪拜祝賀，請求皇帝趕緊決定大計。
皇帝猶豫了很久，頒布诏書稱：“我不喜歡激動、喧擾。
近來諸位大臣的奏章一概被留在宮中，厭惡它們離間我父子。
如果明年朝廷大臣不再輕慢滋擾，定當在後年冊立皇儲，否則就等皇長子十五歲時舉行冊封。
”申時行于是就告誡朝廷大臣不要激發驚擾皇帝。
第二年八月，工部主事張有德奏請準備冊立儀式的禮節制度。
皇帝惱怒，命令延期一年。
而且内閣也呈送了奏疏。
申時行剛好在度假，次輔許國将申時行的姓名列在第一位。
申時行秘密上奏，稱：“我正在度假，起初不知道。
冊立皇儲的事，皇帝的意思已經很明确。
張有德不識大計，希望皇帝親自裁定，不要因為小臣的事而妨礙了大典。
”因此，給事中羅大..彈劾申時行，稱他表面上附和群臣的提議，請求冊立皇儲，而暗地裡延緩此事與内宮交好。
中書黃正賓又論說申時行陷害同官，巧妙地避開首犯的罪責。
兩人都被罷黜官職。
禦史鄒德泳又上奏，申時行極力請求退職。
诏令他乘驿車回鄉。
他回鄉三年，光宗才出宮接受講學，他回鄉十年光宗才被立為皇太子。
萬曆四十年(1614)，申時行八十歲，皇帝派遣行人問候。
诏書傳到他家門前他就去世了。
先因為平定雲南嶽鳳，加封少師兼太子太師、中極殿大學士，令贈封他為太師，谥号文定。