起初，俺答通貢互市，對他們有定額的賞賜，後來邊關大臣答應他們的請求，賞額逐漸增加。
馬自強奏請申明舊約，亂自請求的數額不給，每年節省的費用不可估量。
《世宗實錄》修撰成，他被加封太子少保。
萬曆六年(1578)三月，張居正準備回鄉安葬父親。
思慮在鄉裡休息的内閣大臣，高拱與自己有很深的嫌隙，殷士儋有内援，有可能乘隙複出，隻有徐階年老容易結交，打算舉薦他代替自己。
已經派遣使者報告了徐階，又思慮徐階為前輩，自己還朝，應位居其下，于是奏請增設内閣大臣。
皇帝當即指令張居正推舉，于是根據人望推薦馬自強以及所厚愛的申時行。
诏令加封馬自強為太子太保兼任文淵閣大學士，與申時行一起參與機要事務。
馬自強起初因為救助吳中行、趙用賢與張居正相抵觸，自認不敢奢望，等到皇帝的命令下達，人們更加由此稱贊張居正。
當時呂調陽、張四維先入内閣。
呂調陽身體衰弱，多次卧病不出門，小事由張四維代替他拟旨，大事則派快馬到江陵報告張居正，聽從他的裁決。
馬自強雖然正直，也不能有所作為，駐守職位罷了。
此後，張居正返回朝廷，呂調陽推辭政務，馬自強也患病去世。
诏令贈封他為少保，谥号文莊，派遣行人護送他的靈柩回鄉。
關中人進内閣，從馬自強開始。
此後薛國觀繼之入閣。
整個明代終了，關中隻此兩人入閣。