百萬兩，從萬曆六年(1578)之後，增加了二十萬兩，現在合計六年的數額，不隻百萬兩。
府庫的積蓄不是源泉，每年貢俸不斷，以後将拿什麼維持？”于是指出京倉和通倉的糧食積蓄達八百萬石，足以供給九年的需求，請酌量将一百五十萬石折換成銀兩，三年後停止。
皇帝下诏準許他施行一年。
當時尚寶丞徐貞明、禦史徐待在京城東面開辟水田，王遴極力贊賞此舉，提議很快被決定。
以往，戶部銀專門供給軍隊和京都，不提供給其他事務。
皇帝舉行婚禮時，暫時提取了用于接濟邊關的銀兩九萬兩作為織造的費用，此時皇帝又打算這麼做，王遴執意争辯。
不久，皇帝下诏提取四千兩黃金作為慈甯宮的開支，王遴又極力反對。
皇帝都沒有采納。
此後，他陳述理财的七件事情，奏請皇帝崇尚節儉、重視農業、督促拖欠的償還、懲治貪官污吏、擴大儲蓄、整治貢市。
皇帝答複：“有關我自己的事我已經知道了，其餘的事責成所司商議辦理。
”當時佛教盛行，王遴奏請将身強力壯的和尚淘汰，令他們回鄉務農，聚衆進行齋戒的人以邪道罪論處。
禮部尚書沈魯奏請依王遴的谏言行事。
皇帝已經下诏同意，後妃和宦官大都聲稱不行，事情中途廢止。
他改任兵部尚書。
遼東總兵官李成梁的賄賂遍及皇帝身邊的大臣，但不敢進入王遴的家門。
王遴在戶部頻繁争執，已經被宦官嫉恨。
遇上皇帝察看去世後享用的寝宮，宦官拿着皇帝的批示向他索要馬匹。
王遴認為題本應該蓋章，司禮的傳遞應當由科發給部裡，沒有徑直下達給部裡的，他援引先例執意上奏。
皇帝不高興。
大學士申時行曾經因管事指揮羅秀而囑托王遴将他補作錦衣佥書，王遴阻止不準許。
申時行便拟旨責備王遴擅自扣留皇帝的批示，對皇上缺乏尊敬。
禦史争相彈劾王遴，王遴請求退休而離去，張佳胤代替了他。
給事中張養蒙稱：“羅秀本是太監滕祥的奴仆，靠賄賂進入禁衛中。
往年他圖謀佥書，尚書王遴主持公正，被他們中傷而離去。
不久，羅秀馬上被越級錄用，衆議沸騰。
”因此罷黜了羅秀，張佳胤也被罷免。
王遴雖然退位，聲望更高，因為他年事很高而一再受到朝廷慰問。
萬曆三十六年(1606)，王遴去世。
贈封為太子太保。
天啟年間，追贈谥号恭肅。