捕、治罪，并且召見辛自修任命他為左部禦史。
萬曆十五年(1587)，全面考察京官，執政者想庇護私人，排斥異己。
吏部尚書楊巍秉承旨意、謹小慎微，辛自修對此表示憂慮，事先上奏，請求不要以自己的愛憎為喜怒，排斥、壓抑不結黨派的人。
神宗認為他的谏言很好，而執政者不滿意。
有十多個貪圖鑽營的人，都是執政者所看重的，辛自修想除去他們。
給事中陳與郊自己估量不能幸免，于是稱執憲大臣将以一次過失就廢棄人，想一舉使京都空虛。
因此辛自修想貶斥的人都獲得赦免。
不久禦史張鳴岡等人行糾察職責，首攻工部尚書何起鳴。
何起鳴以前因為督察工程與宦官張誠相好，而且一向不喜歡辛自修，于是攻擊辛自修挾私仇在背後指使。
陳與郊和給事中吳之佳支持他。
禦史高維崧、趙卿、張鳴岡、左之宜憤恨不平，彈劾何起鳴掩飾過失，進行詭辯。
皇帝先聽到張誠的話，頗懷疑辛自修。
見到他們的奏疏更加不高興，說：“朝廷每次任用一個人，言官就紛紛排擠、打擊。
現在何起鳴離去，你們舉薦堪當此任的人。
”高維崧等人都上奏認罪，沒有推舉其他的人。
神宗惱怒，将他們全部調出京城。
給事中張養蒙救助，也被剝奪俸祿。
刑部主事王德新又上奏争辯，話語觸犯了神宗寵幸的人。
神宗将他投入诏獄，施加酷刑追究主使人。
他沒有承認，于是削奪了他的官籍。
辛自修自感不安，趕緊稱病回鄉。
辛自修的奏章，不合執政者的意願，所以不被他們容納。
此後很久，才起用他任南京刑部尚書。
又召他擔任工部尚書。
他沒有上任就去世了。
贈封為太子太保，谥号肅敏。