助顧龍桢，明顯地與溫純相背，以便牽制溫純，又與都給事中姚文尉勾結，傾軋溫純。
溫純憤怒不已，上奏皇帝全部揭發了于永清進行勾結活動的罪狀，并涉及姚文尉，話語頗為觸犯首輔沈一貫。
沈一貫等人上奏辯解。
皇帝下發了于永清、姚文尉的兩分奏章，而溫純彈劾的奏章留在宮中沒有下發。
溫純更加憤恨，三次上奏疏論此事，并極力乞求罷免自己，于是皇帝降了于永清的職。
溫純就與沈一貫相抵忤了。
給事中陳治則、鐘兆京鳴不平，上奏斥責他們荒謬。
溫純請求離去，上奏二十次閉門在家數月。
皇帝一向看重溫純，傳谕挽留他。
溫純迫不得已，勉強就職處理公務。
等到妖書的事件發生，他極力替沈鯉、郭正域辯駁誣言。
楚王宗族的殺害撫臣，溫純又稱他們沒有造反的罪狀。
沈一貫對他的怨恨更深。
萬曆三十二年(1604)，全面考核京官、朝官。
溫純與吏部侍郎楊時喬主持此事，沈一貫想庇護的兆鬥和錢夢臯等人都在貶谪之列。
奏疏送入宮中，很久之後忽然下旨責備他，将被核查的科道官全部留任，而且考核的結果仍然不向下發。
溫純更加請求離去。
錢夢臯、兆鬥既留任，就接連上奏攻擊溫純對楚地一事的處理。
稱溫純曲意庇護反叛的人，并誣蔑他受賄。
朝廷大臣大為驚駭，争相彈劾溫純以便取勝。
皇帝将奏章都留在宮中。
此後，南京給事中陳嘉訓等人極力抨擊錢夢臯、兆鬥兩人暗中有依靠，結成朋黨做奸詐之事，應當盡快貶斥他們，而聽任溫純回鄉，以保全大臣的體統。
皇帝竟然批複了陳嘉訓等人的奏疏，準許溫純結束仕途，錢夢臯、兆鬥也被罷免回鄉。
溫純清白公正。
五次主持南北的考核，澄清汰劣适當。
整肅百僚，振興風紀，為一時名臣。
去世後，封贈為少保。
天啟初年，追贈谥号為恭毅。