功，郭應聘增調各路兵馬，鎮撫白杲、黃土、大梅、青淇等侗、僮地區，使叛賊成為孤立之勢，李錫和諸将領們接連攻破叛賊的陣營，斬殺了他們的魁首，攻下懷遠。
事情詳載于李錫傳。
開始商議出兵，李錫認為陽朔金寶嶺的亂賊較近，想先消滅他們。
郭應聘說：“你隻管前去，我自有辦法。
”李錫出發後幾天，郭應聘與按察使吳一介出其不意襲擊并殺死金寶嶺亂賊的首領。
等到懷遠被攻克，陽朔也平定了，于是分路派遣門崇文、楊照、亦孔昭等将領讨伐洛容、上油、邊山。
五股叛亂的瑤民全部平定。
神宗很高興，晉升他為兵部右侍郎兼右副都禦史，巡撫原來的地區。
萬曆二年(1574)，他被召見并任命為戶部右侍郎，不久，奔喪回鄉。
八年，他出任兵部職，兼任右佥都禦史，仍然巡撫廣西。
當時十座瑤寨剛剛被攻下，郭應聘與總督劉堯海奏請設立隸屬賓州的三個鎮，由當地的人擔任巡檢管理它們，并統屬于思恩參将，十座瑤寨因此才安定。
他升任右都禦史兼兵部右侍郎，統轄兩廣的軍事事務。
前任總督大都接受将領、文官的賄賂，郭應聘一概謝絕了。
過了一年，皇帝召他掌管南京都察院，由吳文華接替他。
不久，他就任兵部尚書，參與機要事務。
此後很久，他稱病回鄉。
郭應聘在廣西時，上奏請求恢複陳獻章、王守仁的祠堂。
劉台被貶斥去戍守浔州，為他租住房供應食糧，死後又出資收殓他，将他的靈柩送歸故鄉，自己供奉他的像以示紀念。
他在南京做官，與海瑞敦促節儉，士大夫不敢侈奢。
他回鄉七個月後去世。
贈封為太子少保，谥号襄靖。