史黃仁榮，以及王麟趾接連上奏彈劾耿定向。
王麟趾說：“南台距離京城較遠，如果奏章先告訴别人，會使人别有應對的計謀。
例如，禦史孫鳴治疏論魏國公徐邦瑞，陳揚善疏論主事劉以渙，都因為奏章先被知曉，一個人因為巴結權貴而幸免，另一個則被借口他事蒙受誣陷。
所以，近來投遞文書有的遲滞一個月，事情本來如此，不是從王藩臣開始的。
”話語同時侵犯了大學士許國、左都禦史吳時來、副都禦史詹仰庇。
執政者正厭惡言官，勒令薛敷教回鄉反省過錯，王麟趾、黃仁榮也被停發俸祿。
當時已經授任耿定向為戶部尚書督理倉場，耿定向就極力訴說請求退休。
多次上奏，皇帝才批準。
七十三歲時去世。
他被贈封為太子少保，谥号恭簡。
耿定向在列身朝廷之初名聲很好，後來曆經徐階、張居正、申時行、王錫爵四位輔臣，都能平和相處。
到張居正喪事在身仍出理政事時，耿定向給友人寫信稱張居正為古時伊尹賢相，貶斥議論者，遭到當時輿論的批評。
他的學術思想本于王守仁。
他曾經招請晉江李贽去黃安，後來逐漸讨厭李贽，李贽也多次批評耿定向。
士大夫中好談禅的人多跟李贽交往。
李贽小有才氣，善于辯說，耿定向不能勝他。
李贽任姚安知府，一天自己剃發，依然身穿官服坐在官堂上，上級官員勒令他辭職。
後居住在黃安，每天招引士人講學，其中也有婦女，專門崇尚佛教，鄙視孔、孟儒學。
後來北遊通州，被給事中張問達所彈劾、逮捕，死于獄中。