述了戰守的十五條策略，都被同意施行。
後來他又多次陳述方略。
四川遭敵寇襲擊。
李祯上奏稱：“四川與陝西接壤，但是松潘地區一向沒有敵寇為患，是因為諸少數民族充當了屏障。
自從俺答在西部放牧，隴右地區就一片騷亂。
此後隴右防備森嚴，敵寇不能逞威，但禍亂就轉移到了四川。
現在各少數民族大半都定居西部邊疆。
我浏覽地圖，從北部邊界延伸至西部由小路抵四川，最多不過九十裡。
幸賴層岩疊嶂、天險屹立，如鎮虜堡是漳腦的門戶，虹橋關是松城的咽喉。
關堡之外，有嶺有崖，都可以據守。
駐守阿玉嶺，敵人就不能翻越天險窺視堡寨。
駐守黃勝場，敵人就不敢跨過塞墩而擾關。
其他地方如橫山、寡石崖尤其險要，都應該趕緊商讨設防，命令撫鎮大臣報告計劃。
”神宗答複可以。
李祯性格剛直，辦事的規劃很恰當。
有人想推舉他任尚書，趙志臯因為先前的不滿，暗中阻攔。
而且張位、沈一貫一向與經略邢..、經理楊鎬勾結，也不希望李祯任尚書；稱李祯不是将材，隻有蕭大亨堪當此任。
神宗不聽。
此後邢..、楊鎬更加沒有功績，趙志臯等人又奏請罷免李祯，禦史況上進彈劾李祯庸俗卑鄙。
神宗都不聽。
甘肅巡撫空缺，李祯報上劉敏寬的姓名。
給事中楊應文稱劉敏寬剛剛被勘查，不應當推舉他。
神宗責備李祯，李祯說：“先前遵照诏令劉敏寬等待着巡撫的空缺，所以我舉薦了他。
”神宗惱怒李祯不認罪，将他調到南京。
随後進行考核，南京的言官上書牽涉到李祯，于是神宗命其退休。
此後很久，他出任南京刑部尚書。
過了一年又稱病，沒等到答複就徑自回鄉了，神宗很惱怒。
大學士葉向高稱：“李祯确實患病，不能過份指責。
十多年來，大臣們請求退休獲得批準的人，沒有百分之一、二。
李廷機、趙世卿都被留任幾年，上奏達一百多次。
現在尚書孫丕揚、李化龍又因為考核軍政的奏疏沒有下發，相繼請求離去。
如果他們再效法李祯，實在有傷國家的體統。
各位請求離去的大臣，大約都有幾條理由。
患疾病的人應當離去，被疏論的人應當離去，沒有盡職的人應當離去。
應該體察他們的詳情，可以留任的就挽留他，不可以留任者就聽任他們離去。
”神宗最終剝奪了李祯的官職，讓他閑居。
不久他就去世了。