李祯，字維卿，安化人。
隆慶五年(1571)的進士。
授職為高平知縣，征召為禦史。
萬曆初年，傅應祯因為秉直勸谏被投入诏獄，李祯與同僚喬岩、給事中徐貞明前往監獄探視他，結果被貶職為長蘆鹽運司知事。
調任歸德推官、禮部主事，三次擔任順天府丞。
萬曆十八年(1590)，洮、河地區出現警訊，他極力陳述貢市不是一種适宜策略，并趁機指責了邊防官吏的四大過失。
神宗認為已經互市通貢了二十年，不應當追究開始的事，于是壓制了他的提議。
他擔任右佥都禦史巡視湖廣期間曾上書，說：“知縣梁道凝遵循吏職，反而被記錄下等考績，應該懲罰徇私的人以便告誡其他的人。
推薦官吏不應該專門涉及高品級的人，像趙蛟、楊果等下級幕僚，也應當大肆表彰他們。
”趙蛟、楊果是萬曆初年由吏員破格提拔的人。
神宗的诏令都答複可以。
他被招見并任命為左佥都禦史，再調任戶部右侍郎。
趙用賢因為拒絕婚事而遭攻擊，戶部郎中鄭材又诋毀他。
李祯駁斥了鄭材的奏疏，話語觸犯了他的父親鄭洛。
鄭材在氣憤中又上奏指斥李祯，李祯請求退休，神宗不允許。
禦史宋興祖請求将鄭材改派到其他的部以回避李祯，保全大臣的體統，神宗就将鄭材調出京城派往南京。
李祯不久調往兵部升任左侍郎。
萬曆二十四年(1596)，日本受封朝貢的事情不成，首輔趙志臯、尚書石星都遭彈劾。
朝廷大臣讨論戰守的情況，奏章全部下達到兵部。
李祯等人說：“現在所讨論的隻是戰、守與封貢三件事。
封貢則李宗城雖被招回，楊方亨依然在職。
如果就此提議罷黜，不要說将中國的幾百人沉淪在異國他鄉，而且我方的兵糧還沒集結，形勢很難進行遠征。
應該命令楊方亨靜候朝廷通告，文書來就封貢，不來就終止此議。
我認為戰守是務實之舉，應該伺機應變。
況且朝鮮一向遵守禮儀，我軍的駐地，應該嚴禁騷擾、劫掠。
”所得的聖旨采納了他們的建議。
但是他在奏疏中稱趙志臯、石星應當離職。
神宗下诏責備李祯，隻指令議論戰守的事情，為何擅自提及大臣的去留，姑且不予追究。
趙志臯從此對李祯不滿。
第二年，石星被治罪，神宗指令李祯負責部裡的事務。
李祯認為平壤、王京、釜山都是朝鮮的要地，請求修建一座大城，興屯田，開辟市鎮，同時陳