殺，與輿論相反。
李植等人因為丁此呂以前攻擊尚書楊巍，陸光祖支持楊巍诋毀議論的人，議論的人于是群起攻擊陸光祖，他由左侍郎出任南京工部尚書。
禦史周之翰彈劾陸光祖依附同族的人陸炳得到清高顯貴的官職，神宗不理會。
禦史楊有仁就彈劾陸光祖收受賄賂，請求将他交給官吏治罪，楊巍極力保護他，事情得以平息，陸光祖最後稱病離職。
萬曆十五年(1587)，他出任南京刑部尚書，改派到吏部。
率領同僚彈劾東廠太監張鲸，并且請求寬恕李沂。
此後，稱皇儲未定，是因為張鲸搞陰謀，請求清除他以便安定宗廟社稷。
等到神宗召回張鲸，他又率領同僚極力勸谏。
他入朝擔任刑部尚書。
神宗曾将他的名字書寫于禦屏上，吏部尚書宋纟熏去世，于是起用陸光祖代替，讓趙錦代替陸光祖的原職。
禦史王之棟稱他們兩人不應當任用，神宗惱怒，将王之棟降職為雜仆。
當時部中的權力被内閣奪取了，宋纟熏極力矯正，遭受挫折，陸光祖不為驚懼。
曾經因事與大學士申時行相抵觸。
申時行不高興，陸光祖最終沒有順從。
申時行辭職，神宗特意授旨起用趙志臯、張位，都是申時行暗中推薦的。
陸光祖稱，輔佐大臣應當由朝廷推薦，不應當由宮内降旨。
皇上這次的命令應下不為例。
萬曆二十年(1592)全面考察地方官吏，給事中李春開、王遵訓、何偉、丁應泰，禦史劉汝康都先在京城之外任過職，名聲不好，全部被罷黜。
又舉薦許孚遠、顧憲成等二十二人，當時的輿論一緻稱贊。
不久，因為推舉饒申、萬國欽與聖旨抵觸，文選郎王教以下的人全被驅逐。
陸光祖稱事情的起因在自己，告罪請求退休，為郎官請求寬恕，神宗沒有批準。
等到推舉内閣大臣，朝廷大臣遵循舊例，首先報上陸光祖的姓名。
神宗下诏答複：“你先前請求朝廷推舉，推舉的原來首先就是你。
”陸光祖知道皇上不容忍自己，每天都懷藏離去的打算。
不久，因為王時槐、蔡悉、王樵、沈節甫等德高望重，特别推薦給皇上，給事中喬胤就彈劾陸光祖和文選郎鄒觀光。
陸光祖就極力請求離去，神宗允許他乘坐驿車，回鄉五年後去世。
被贈封為太子太保，谥号莊簡。
陸光祖為人耿介有骨氣，見識高明，通曉朝廷典制，每當議論大政方針，他一言确定要害。