用诏令請求裁減，未獲同意。
内閣大臣申時行等人堅持争辯，才減免十分之三。
南畿、浙江遭大災，诏令禁止鄰地買進糧食，商船都彙聚江西，安徽人最多。
而且江西當年收成也不好，衆人請求陳有年禁止。
陳有年上奏陳述救急的六件事，其中請求稍稍松弛先前的禁令，使江西的百姓得以自救。
南京禦史方萬山彈劾陳有年違背诏令。
皇帝惱怒，剝奪了他的官職令他回鄉。
後來受舉薦督辦江防，漸漸升任吏部右侍郎。
改任兵部職，後改任吏部。
尚書孫钅龍、左侍郎羅萬化都是他的同鄉，陳有年極力回避，朝廷商讨沒有同意。
不久，他由左侍郎升任南京右都禦史。
萬曆二十一年(1593)他與吏部尚書溫純共同主持對京官的考核，所做的罷黜之事都很得當。
不久就取代了溫純的職位。
當年秋天，孫钅龍辭職，他被任命為吏部尚書。
住宿在辦公地，會見賓客就在等待朝見皇帝的地方。
引薦、錄用僚屬，為當時選官的極品。
第二年，王錫爵準備離職，朝廷推舉内閣大臣，诏令不拘資曆、官品。
陳有年正在休假，侍郎趙參魯、盛讷，文選郎顧憲成前往咨詢他，開列出前任大學士王家屏、前任禮部尚書沈鯉、前任吏部尚書孫钅龍、禮部尚書沈一貫、左都禦史孫丕揚、吏部侍郎鄧以缵、少詹事馮琦等七人的名字。
孫钅龍、孫丕揚不是翰林出身，為不拘泥資格，馮琦為四品官是不拘品級。
王家屏因為争辯立太子而離職，皇帝的意思一向就不想任用他。
又牽涉到吏部尚書，左都禦史不是先例，皇帝嚴加責備。
稱：“不拘泥資曆、品級是當年陸光祖為自己進入内閣留的晉升之路。
現在推舉孫钅龍、孫丕揚，顯然是徇私情。
以前吏部曾經兩次推舉内閣大臣，可以詳細抄錄姓名呈上。
”因此詳細列舉了沈鯉、李世達、羅萬化、陳于陛、趙用