賢、朱赓、于慎行、石星、曾同亨、鄧以缵等人。
然而李世達以前是左都禦史，皇帝又不高興，稱：“诏令中不許推薦都禦史，為什麼又提到李世達。
王家屏是舊輔臣，不應當擅自提議起用。
”于是命令陳于陛、沈一貫進入内閣，并且貶責顧憲成以及員外郎黃缙、王同休，主事辛嘉祯、黃中色任閑雜的官職。
王錫爵首先上奏救助，陳有年和趙參魯等人接着上奏，皇帝卻不采納。
趙志臯、張位也假裝勸谏。
但是他們兩個人都不是由朝廷推舉，于是說：“輔臣應當出自特别選擇，朝廷推舉是由陸光祖聯絡言官們所為，不可以效法。
”皇帝歡喜。
下禦旨再度責難，免除對黃缙等人的貶責，但是停發一年的俸祿。
給事中盧明诹上奏救助顧憲成。
皇帝發怒，降了他的職，将顧憲成貶為平民。
陳有年上奏申辯：“内閣大臣由朝廷推舉，源于舊制。
過去楊巍負責選拔官吏，我負責文選，朝廷推舉六個人任内閣大臣，現在首輔王錫爵就是當年所推舉的。
我的家鄉以前就有兩位内閣大臣，弘治時期的謝遷，嘉靖時期的呂本，都是由朝廷推舉的，至于不拘官吏資格品級，出于皇上诏谕，我怎麼敢不遵奉。
”因而請求告老回鄉。
神宗接到奏疏，認為他話語耿直，用溫和的語氣加以安慰。
陳有年從此不斷上奏稱病請求罷職。
皇帝依然安慰挽留，賞賜食物、羊和酒。
陳有年請求更為積極。
最後，他認為自身雖然告退，遺漏的賢士不能不錄用，極力請求皇帝起用廢黜的人。
皇帝答複知道了。
陳有年就閉門不出。
幾個月，上奏十四次。
才被準許告退，乘驿車回鄉。
回鄉的行旅隻有一箱書、一竹箱衣服而已。
萬曆二十六年(1598)正月去世，享年六十八歲。
四月诏令他出任南京右都禦史，但是陳有年已經先去世了。
封贈為太子太保，谥号恭介。