以收斂，但是諸位不得志的人很惱恨。
在考核之初的舉薦時，湯兆京稱金明時即将上奏要挾，以刺激孫丕揚。
孫丕揚果然惱怒，先制止金明時到吏部考察，特意上奏彈劾他。
神宗下旨追究罪過，金明時的辯解又觸犯神宗的避諱。
神宗惱怒，剝奪了他的官職。
他的黨徒大為嘩然。
稱金明時不曾要挾湯兆京，隻有彈劾王圖是事實，遭到王圖的報複。
因此刑部主事秦聚奎極力攻擊孫丕揚，替湯賓尹、徐大化、劉國缙、王紹徽、喬應甲、張嘉言辯護。
當時部院的考核報告還沒有下達，孫丕揚上奏催促，趁機揭發秦聚奎以前在績溪、吳江知縣任上貪婪、殘暴的罪狀。
神宗傾向孫丕揚，将秦聚奎的官職也剝奪了。
因此他的黨羽們更加憤怒，稱孫丕揚果真利用僞書故意貶斥王紹徽、劉國缙，況且兩人與喬應甲曾經攻擊過李三才、王元翰，所以代他們報複，議論紛紛。
許弘綱聽說後感到畏懼，多次請求下發考核的報告，也認為孫丕揚處理過分。
秦的黨羽們借助他的話，更加想打倒孫丕揚。
禮部主事丁元薦剛進入朝廷，顧慮考核報告最後擱置，上奏指責許弘綱，趁勢詳盡揭發了昆、宣兩黨的陰謀。
因此朱一桂、鄭繼芳、周永春、徐兆魁、姚宗文争相攻擊丁元薦，替金明時等人訴訟冤屈。
幸虧葉向高調解，到五月才下發考核報告。
給事中彭惟成、南京給事中高節，禦史王萬祚、曾成易仍然不斷攻擊。
孫丕揚認為人們議論不斷，也屢次上奏請求離去，神宗下優诏挽留。
在此之前，楊時喬負責考核，貶斥了科道錢夢臯等十人，神宗下特旨留用他們。
此時孫丕揚也上奏罷免他們，群情大快。
孫丕揚以白首之軀回朝視事，不舉薦賢明無以報效國家。
先後推舉隐居的賢人，像沈鯉、呂坤、郭正域、丘度、蔡悉、顧憲成、趙南、鄒元标、馮從吾、于玉立、高攀龍、劉元珍、龐時雍、姜士昌、範涞、歐陽東風等人。
神宗一向不錄用舊臣，全部沒有批複。
孫丕揚又請求起用前任禦史錢一本等十三人，前任給事中鐘羽正等十五人，也答複作罷。
孫丕揚雖然年邁，神宗看重他老練清廉，對他眷念更深。
然而孫丕揚不斷請求離去，上奏二十多次，得不到批準，就在第二年二月上奏之後徑直回鄉。
葉向高聽說了，急忙上奏神宗。
神宗下诏令他乘驿車，并派有司問候。
不久孫丕揚上奏答謝，趁勢陳述四件時政，神宗又下優诏答複他。
他在家居住兩年後去世，享年八十三歲，贈封為太保。
天啟初年，追贈谥号恭介。