脫。
孫丕揚再度被責備，批準他乘驿車離去。
此後很久，他被委任為南京吏部尚書，推辭不上任。
等到吏部尚書李戴被免職，神宗為代替的人發愁，讓侍郎楊時喬負責。
楊時喬多次請求選拔尚書。
神宗最終思念孫丕揚廉潔、正直，萬曆三十六年(1608)九月召用他擔任原職。
他屢屢推辭，神宗不同意。
第二年四月才進京，他已經七十八歲。
三十八年考核京城之外的官吏，罷免與提拔都很恰當。
又上奏舉薦廉吏布政使汪可受、王佐、張亻思等二十多人，诏令全部錄用。
在此之前，南北兩京的言官都攻擊李三才、王元翰，牽連到居住家鄉的顧憲成，稱為東林黨。
祭酒湯賓尹和谕德顧天浚各自召門徒，幹預時政，稱為宣黨、昆黨；因為湯賓尹是宣城人，顧天浚是昆山人。
禦史徐兆魁、喬應甲、劉國缙、鄭繼芳、劉光複、房壯麗，給事中王紹徽、朱一桂、姚宗人、徐紹吉、周永春等人，極力排斥東林黨人，與湯賓尹、顧天浚相互聲援，大臣大都畏懼，回避他們。
到此時，鄭繼芳巡按浙江時，有人以他的名義僞造信函抨擊王紹徽、劉國缙。
信中說：“欲除去福清，先要除去富平；欲除去富平，先要除去耀州兄弟。
”又稱：“秦脈被斬斷後，我們可以實現抱負。
”福清指葉向高，耀州指王國、王圖，富平就是孫丕揚。
王國當時是保定巡撫，王圖任吏部侍郎負責翰林院，與孫丕揚都是秦地人，所以稱“秦脈”。
大概是小人所設計的挑逗語言，陷害鄭繼芳等人，該信送到孫丕揚的住所，孫丕揚并不介意。
遇上禦史金明時為官不稱職，顧慮京官考核中受斥責，先上奏極力攻擊王圖并抨擊禦史史記事、徐缙芳，稱他們是王圖的心腹。
等到王圖、徐缙芳上奏辯解，金明時再度彈劾他們，并提到僞造的鄭繼芳的信。
劉國缙懷疑信出自徐缙芳和李邦華、李炳恭、徐良彥、周起元之手，因此稱他們為“五鬼”；當時五個人都當選禦史待命。
當時，人們每天攻擊，議論紛紛，神宗從沒過問，他們更是培植黨羽以求取勝，朝廷上熱鬧得很。
到了第二年三月全面考核京官，孫丕揚與侍郎蕭雲舉、副都禦史許弘綱負責此事，考功郎中王宗賢、吏科都給事中曹于汴、河南道禦史湯兆京、協理禦史喬允升做助手。
前任禦史康丕揚、徐大化，前任給事中鐘兆鬥、陳治則、宋一韓、姚文尉，主事鄭振先、張嘉言和湯賓尹、顧天浚、劉國缙都被糾察，又以年例的名義将王紹徽、喬應甲調出京城。
群情得