情再度攻擊郭正域，稱主持考核的人受郭正域驅使。
皇帝果然心動，特意留用錢夢臯；此後，将被糾察的科道全部留用，并且下嚴旨責備楊時喬等人。
楊時喬等人惶恐地上奏辯解，請求罷免，神宗不予追究。
錢夢臯被留用，就與鐘兆鬥多次上奏攻擊溫純，并且觸及楊時喬，楊時喬請求離去。
不久員外郎賀燦然請求貶斥被糾察的科道，也抨擊溫純擅權争鬥，唯獨稱贊楊時喬。
又稱“陛下親自處事英明果斷，不是内閣大臣能暗中愚弄的”，意思大概是為沈一貫解脫。
楊時喬因為與溫純共事，又上奏請求貶官，神宗沒有答複。
等到溫純離去，錢夢臯、鐘兆鬥也引退了。
神宗又降旨責備，稱“先祖也時常留用被糾察的科道，為什麼現在懷疑君主，誣蔑輔臣”。
趁機責備各位大臣結幫入夥，命令楊時喬盡心盡職，将賀燦然和劉元珍、龐時雍等人全部貶職。
楊時喬歎息道：“主持糾察的人被驅逐，提議糾察的也如鼠竄，還有臉面在此嗎？”他多次上奏稱病，最終未獲批準。
當時朝廷内外空缺很多，官職還沒有補充人，而且大臣們探親養病請假，以及勸谏而被連累遭遣送的人，遍布鄉間，都得不到召見。
楊時喬就開列了三百多人的名單，多次上奏請求錄用。
三十四年，皇長孫出世，神宗下诏起用罷官的人，楊時喬又列舉受降職的鄒元标等九十六人，被剝奪官籍的範俊等一百一十人，神宗最終沒有理會。
第二年全面考核京城外的官吏。
楊時喬已經與副都禦史詹沂接受任務，過了幾天，神宗忽然命令戶部尚書趙世卿代替楊時喬，于是中途放棄。
大概去年冬天所批複的考核報告，現在誤發了。
輔臣朱赓稱不成體統，馬上告訴了神宗。
皇帝也發覺了錯誤，當天收回報告。
楊時喬堅決推辭不肯上任，吏科陳治則彈劾他有怨