憤不合大臣的禮儀。
神宗下旨責備，楊時喬才又負責事務。
永年伯王棟去世，他的兒子王明輔請求世襲。
楊時喬認為外戚不應當傳承封爵，堅持争辯，皇帝不聽。
當時沈一貫已經被罷免，言路争相攻擊他的黨羽。
但是李廷機是沈一貫教導的門生，内閣大臣空缺，衆人都推舉他，隻有給事中曹子汴、宋一韓，禦史陳宗契堅持不同意。
楊時喬最終遵從了衆人的意見。
不久，又推舉黃汝良、全天叙擔任侍郎，那些攻擊沈一貫的人更加不高興。
給事中王元翰、胡忻便接連彈劾楊時喬，楊時喬上奏辯解，極力請求罷職。
當時，神宗授予楊時喬選拔官吏的權力，又不設置右侍郎，他一個人單獨負責吏部事務，選官很公允。
然而朝廷的阻格，官吏閑置，事情荒廢，一天勝過一天，而且朝廷議論紛紛，動不動就受牽制。
楊時喬官職不顯赫，又自溫純離去後，很久不設置都禦史，更不能鎮住僚屬。
因此上下欺淩，綱紀一天天紊亂，言路掌握了權力，楊時喬也多有屈從，議論的人諒解他的苦衷，不多追究他。
負責選官五年，最後起用以前的尚書孫丕揚，沒有到任，楊時喬已經去世。
箱中隻有一件破舊的毛皮衣，同僚們募捐收殓了他。
诏令封贈吏部尚書，谥号端潔。
楊時喬受業于永豐呂懷，最不喜歡王守仁的學說，力加排斥，尤其厭惡羅汝芳。
在任職通政使司時，他上疏斥責說：“佛氏之學，起初并不與儒學相混，是羅汝芳借聖賢仁義心性之說，倡導為見性成佛的宗教，說我的學說簡省快捷，不待清修。
于是傳疏注釋為瑣碎，以經書為糟粕，以躬行實踐為迂腐，以綱紀法度為束縛。
超越禮法，敗壞道德，沒有比這更嚴重了。
望敕令主管官員明示禁止，以彰明綱常名教。
”神宗下诏同意了他的意見。