案宗上報後，仍被留在世宗手中。
戶部司務何以尚揣摸皇帝沒有殺海瑞的意思，上書請求釋放他。
世宗發怒，命令錦衣衛将他杖擊百次，禁锢在诏獄，晝夜棒擊審訊。
過了兩個月，皇帝去世，穆宗即位，兩人都被釋放。
世宗剛死，外界大都不知道。
提牢主事聽了，以為海瑞将被任用，設宴款待他。
海瑞自己疑心要赴刑場，放縱飲用，不顧慮什麼。
主事就附在他耳邊說：“皇帝去世了，先生即将出獄效力了。
”海瑞問：“真的？”随即大哭，将吃進的東西全嘔吐了，倒在地上，整夜哭泣不停。
不久獲釋，恢複舊職。
很快改派到兵部，提拔為尚寶丞，調任大理寺。
隆慶元年(1567)，徐階被禦史齊康彈劾，海瑞說：“徐階侍從先帝，沒有能終止神仙土木的過失，畏懼龍威保全職位，的确有罪。
然而自從他執政以來，憂患國事，肚量寬弘，值得稱贊。
齊康甘心做鷹犬，搏噬好人，他的罪又高過高拱。
”人們贊同他的說法。
曆任兩京左、右通政。
隆慶二年(1568)夏天，以右佥都禦史身份巡撫應天的十府，下屬官吏害怕他的威嚴，有劣迹的人大都自動免職。
有勢力的人家用朱丹漆門，聽說海瑞來了，又漆成黑色。
監理紡織營造的人，被減去衆多随從。
海瑞銳意革故鼎新，奏請疏浚吳淞、白茆，讓河水暢流入海，百姓因此受益，他一貫痛恨大戶兼并土地，極力折損豪強，安撫貧窮羸弱。
貧民的田地被富戶兼并，一概替他們奪回，徐階罷免相位居住鄉裡，海瑞一樣查問其家裡的情況而不寬免。
他的命令雷霆萬鈞，有司惶恐奉行，有勢力的豪強為了躲避，逃往其他郡。
奸民往往乘機告發，所以大姓人家時常有遭誣告蒙冤屈的。
他又裁減郵傳冗費。
士大夫離開了該地一律不提出供飲食，因此怨言很多，都給事中舒化批評海瑞迂腐不通曉政體，應該把他置于南京的清閑之地，穆宗仍然優待海瑞下诏獎勵。
不久給事中戴鳳翔彈劾海瑞庇護奸民，魚肉官吏，沽名釣譽擾亂政事，于是調他督職南京糧儲。
海瑞撫慰吳地剛半年，百姓聽說他将離去，哭聲載道，繪像在家中祭祀。
他即将就任新職，遇上高拱主管吏部，此人一向懷恨海瑞，将他的職務并入南京戶部，于是海瑞告病回家。
萬曆初年，張居正主持