朝政，也不喜歡海瑞，指使巡按禦史考察他的清廉。
禦史到山中察看，海瑞真誠地招待他，兩人對坐用餐，房舍狹小，禦史歎息着離去。
張居正害怕海瑞的耿直，雖然朝廷内外交相推薦，他始終不召見海瑞。
萬曆十五年(1587)冬天，居正已死，吏部拟任用他做左通政。
神宗很看重海瑞的名聲，授予他舊職。
第二年正月招他任南京右佥都禦史，又改任南京吏部右侍郎，海瑞當年七十二歲，上書陳述衰老将死，願比附古人屍谏的大義，大略講：“陛下勵精圖治，但政治還不理想，原因是貪婪官吏的刑罰輕了。
大臣們不能談論緣由，反而借助待士有禮的說法，對此贊不絕口掩飾其過失。
待士有禮，但是百姓又有什麼罪刑呢？”于是他列舉太祖剝皮囊草的刑罰以及洪武三十年(1397)的定律貪污八十貫處絞刑的例證，稱現在應該用這些刑罰懲治貪官。
其他方面時政的謀劃，話語非常切實。
唯獨勸皇帝施行酷刑，當時輿論認為不妥。
禦史梅昆鳥祚彈劾他。
神宗雖然認為海瑞的言語過分，但明了他的忠誠，撤了昆鳥祚的職。
神宗屢次打算召用海瑞，執政的人暗中阻攔，于是任命他為南京右都禦史。
南京各官向來苟且懶惰，海瑞身體力行矯正此風。
有位禦史偶爾演戲取樂，海瑞打算遵循太祖法令杖責他。
百司惶恐，都患其苦。
提學禦史房寰擔心被糾察和揭發，準備先行發難，給事中鐘宇淳也鼓動，房寰再次上書對海瑞醜化诋毀。
海瑞也多次上書請求退休，神宗安撫挽留，不同意他辭職。
萬曆十五年(1587)，海瑞死在職任上。
海瑞無兒子。
死時，佥都禦史王用汲進他家察看，發現他用的是窮寒的士人都不能忍受的麻布帳和破竹箱，王用汲哭泣着退下，湊錢給他送葬。
百姓罷市。
喪事在江上舉行，穿戴白衣帽的送葬人夾岸，哭着灑酒祭奠的人百裡不絕。
神宗追封他為太子太保，谥号忠介。
海瑞生平學行，主要是剛強，因為他自号剛峰，天下人稱他為剛峰先生。
他曾說：“想天下治理安平，必須推行井田制。
不得已就推行限田制，再不行就實行均稅制，尚且可以保存古人的遺志。
”所以自從任縣令到巡撫，他都緻力清丈田畝，頒行一條鞭法。
主要意思在于利民，不過行事不能說沒有偏頗。