米萬春威脅李材更改軍中不便十二事，命令他上疏将罪行歸于副使丁惟甯、知府沈钅夫等，李材隐忍聽從了他。
丁惟甯責罵數落米萬春，米萬春想殺丁惟甯，丁惟甯逃走。
李材于是再一次彈劾丁惟甯激起事變。
皇上下诏問沈钅夫等人的罪，将丁惟甯降職三等，李材回到原籍等候調查，時間是萬曆十五年(1587)十一月。
禦史楊紹程調查認為米萬春是罪魁禍首，應該治罪。
大學士申時行暗中庇護他，以緻朝廷沒有問罪，頃刻調任到天津去了。
而李材又因雲南的事被攻擊，于是被加重谪貶。
起初，皇上有旨勘驗征讨緬甸的功績，巡按禦史蘇贊阝說斬首沒有超過一千，攻破城池，開拓疆土都沒有證實，猛密這塊地方還被緬甸占據，李材、劉天俸等誇大功績，副使陳嚴之和他相附和，應該一同治罪。
皇帝大怒，剝奪劉世曾官職，停發沐昌祚俸祿一年，李材、陳嚴之、劉天俸都逮捕下獄。
刑部尚書李世達、左都禦史吳時來、大理少卿李棟等，認為李材、劉天俸當罰流放，陳嚴之當降級。
皇帝不高興，停發郎中、禦史、寺正諸臣的俸祿，典诏獄李登雲等也被解去官職。
于是準備将他們改為戍邊。
後特下旨援引紅牌說謊的例子，定罪李材、劉天俸斬首，陳嚴之除掉官籍。
大學士申時行等數次為他們說情，給事中唐堯欽等也說：“李材以夷攻夷，功績不可埋沒。
奏報偶爾有虛誇，就定為死罪，假使全是假的沒有實在的東西，掩飾罪過，誇為功績，又定什麼罪呢？假設不幸丢失城池，全軍沒有返回，又定什麼罪呢？”皇帝均不聽。
被關押五年，救援他們的奏疏有五十多封。
不久，劉天俸因為善于使用火器，皇上下令令他立功贖罪，申時行等再一次為李材申辯，皇帝置之不理。
沒有多久，孟養使者進貢，一一說起緬甸人侵略，明朝救援，擊破敵人的情狀。
聽說帶兵的人在獄中，使者都痛哭流涕，楚雄的士民閻世祥等也相繼到官府為李材等伸冤。
皇帝這才稍稍改變了一下态度，命令再做調查。
調查的結果報了上來，李材的罪過掩埋不了他的功績。
大學士王錫爵等又上疏替他講話。
皇上故意推遲放人，到萬曆二十一年(1593)四月，才命令他戍守鎮海衛。
李材所到之處，就聚衆講學，學者們稱他為見羅先生。
他在獄中時，向他求學的人絡繹不絕。
到了戍所，學生更多。
許孚遠正巡撫福建，每天與其交往，李材因此忘了羁旅之苦。
很久之後，他遇赦還鄉，死時年七十九歲。