朱鴻谟，字文甫，山東益都人。隆慶五年(1571)中進士，授官吉安推官。在諸生中賞識鄒元标，待他很優厚，提為南京禦史。鄒元标和吳中行被治罪，朱鴻谟上疏救援，言語觸怒張居正，被貶為平民。
朱鴻谟回到家鄉，閉門講學，不入城市。張居正死後，以原官起用，出使江西。上奏減免因水災造成減産的賦稅，請求減去饒州磁器，奏章沒有被上報給皇帝。又上疏推薦因谏議被削去官職的人，違背了聖旨，被停發俸祿。提拔為光祿少卿。由大理寺少卿升為右佥都禦史、操江提督。後又改為巡撫應天、蘇州十府。征引二位先皇帝節儉的美德，請求裁減上供的紡織品，報告給皇帝。蘇州一帶徭役不均，命令以占有的田地為标準，不足百畝的不服徭役，縣裡予以登記，定出差别、等級。纨绔子弟橫行鄉裡，無賴之徒與他們為非作歹，遠近謠傳他們将圖謀不軌，朱鴻谟将他們一網打盡，上疏報告皇帝有叛亂。朝廷議論要出動部隊，兵部主事伍袁萃極力勸說尚書石星，命令再做勘察，于是調解。朱鴻谟不久提為刑部右侍郎，死于任上。不能下葬，同僚湊錢才辦理喪事。贈為刑部尚書，谥号恭介。