魏學曾，字惟貫，陝西泾陽人。
嘉靖三十二年(1553)中進士，授職戶部主事，升郎中。
有宦官為商人請求支取上萬兩糧草銀。
魏學曾堅持認為不可以，于是停止。
不久，升為光祿少卿，又升右佥都禦史，巡撫遼東。
隆慶初年，當地少數民族大舉進攻永平。
魏學曾進駐山海關，下令諸将王治道等追擊至義院口，取得大勝。
魏學曾升為右副都禦史。
于是，他調換将吏，招納降将，規範屯田二千多頃，數次擊敗敵人，被朝廷封賞。
後因病離任。
又起用為兵部右侍郎，提督神樞營，很快改在吏部任職，轉為左侍郎。
穆宗皇帝去世，大學士高拱想排擠馮保，囑咐禦史官彈劾他。
魏學曾修書大學士張居正，說：“朝廷官吏都說您與馮保有圖謀，先帝遺诏也是出自您之手。
今天的事情是不應該庇護這個閹官。
”張居正大怒。
等到高拱被趕出朝廷，滿朝的文武都大驚失色。
唯獨魏學曾高聲地說：“皇上登位伊始，就貶逐顧命大臣，诏書出自何人，不能不公開告訴百官。
”他要求各位大臣到張居正的府邸争論此事，各大臣大多數不肯去，張居正也以疾病推辭諸臣來訪，從此更加與張居正相違悖。
魏學曾貶為南京右都禦史。
沒有上任，給事中宗弘暹迎合張居正彈劾他。
朝廷下诏讓他以過去的官職等候調遣，魏學曾于是回到家鄉。
張居正死了一年多後，他被起用為南京戶部右侍郎。
征召為右都禦史，督察倉場。
不久從南京戶部尚書任上退休。
萬曆十八年(1590)，順義王扯力克西赴青海，火落赤、真相進犯洮河，副總兵李奎、李聯芳先後被殺。
朝廷命尚書鄭洛經營管理七鎮并兼任總督，鄭洛堅持推辭任總督之職。
第二年春天，内閣大臣王錫爵推薦魏學曾。
于是，魏學曾起用為兵部尚書，總督陝西、延、甯、甘肅軍務。
當時鄭洛一心一意主張議和。
魏學曾到來後，與他意見不合。
陝西巡撫葉夢熊幫助魏學曾。
起初，順義王受封時，葉夢熊因為直言勸谏阻止而獲罪。
魏學曾也向高拱說不便于這樣做。
這時，扯力克幫助叛亂，魏學曾、葉夢熊想征讨他們，抨擊鄭洛不認真對待敵人。
恰好扯力克東歸，火落赤諸部也遷走，魏學曾上奏認為扯力克雖然歸去，暗地裡卻留了兩萬精兵在嘉峪，想幫助火落赤、真相。
這個話本來是道聽途說，朝廷官吏卻争相附和。
王錫爵心裡後悔，上疏奏明，又送信責備葉夢熊。
兵部尚書石星以為順義王既然東歸，宣府大(同