叛賊對外假意要求撫恤以緩兵，暗地裡與盜匪勾結，然而糧食已吃完，形勢更為不利。
七月，魏學曾與葉夢熊、梅國桢定下計策，決黃河大壩讓黃河之水灌城，水達到城下。
此時，河套盜匪蔔失免、莊秃賴率三萬騎兵進犯定邊、小鹽池，以土昧鐵雷為前鋒，而另外派遣宰僧領萬騎從花馬池西沙湃口進攻，聲援継拜。
麻貴在右溝阻擊，其士氣稍稍有些挫折，分路赴下馬關及鳴沙州。
魏學曾命令遊擊龔子敬扼守沙湃口，征召延綏總兵官董一元搗毀土昧鐵雷的巢穴，斬首一百三十餘級，盜寇大驚而走。
在沙湃口遇上龔子敬，将他重重包圍，龔子敬戰死，外寇也離開了，叛賊的援軍沒有了。
魏學曾增大壩水決口。
八月，黃河決口，大堤毀壞，又修治大堤，城外水深有八、九尺，東西城崩塌百餘丈。
著力兔、宰僧又進入李剛堡。
李如松、麻貴等打敗他們，将他們一直追趕到賀蘭山。
叛賊更加害怕，要求和議，懸而未決時，魏學曾因得罪被罷官。
朝廷命令葉夢熊代替他，葉夢熊于是取得成功。
起初，魏學曾遣人招降劉東..、許朝，曾在固原停留十餘日等待消息，皇帝責備他玩忽職守。
李日句渡黃河又遲了點，松山、河套的盜匪先進入，官軍由是再次失利。
魏學曾曾上疏要求監軍不要參與兵事，皇上命令梅國桢遵守這一點，梅國桢頗不滿意。
等他來到軍隊，梅國桢彈劾諸将觀望，而定魏學曾玩忽職守罪。
給事中許子偉也彈劾魏學曾為招撫所迷惑，耽誤了國家大事。
梅國桢又說佥事随府從城上逃下，叛賊命令四個人下來捉拿，我軍距離咫尺卻不敢上前救援，又北邊盜匪數萬人截斷我軍糧道，殺戮無數，卻隐匿而不上報。
皇上于是大怒，将魏學曾逮至京城。
魏學曾逮捕不到一個月，甯夏城破，明朝大軍乘勢而入，叛賊被滅。
魏學曾任事勤勞。
灌城招降的計策，本來是他的建議。
等到宣報大捷，皇上召見大學士趙志臯、張位，趙、張二位極力為魏學曾辯解，尚書石星以下多說魏學曾無罪。
梅國桢也上疏說：“魏學曾應變稍慢，臣請求責備諸将是要振奮士氣，而逮捕魏學曾的命令，發自我的上疏，我暗暗地感到悔恨，魏學曾不昭雪，我将受到萬世的譏諷。
”李如松也說：“魏學曾被逮捕時，三軍将士淚如雨下。
”葉夢熊也将功勞歸于魏學曾。
皇帝開始不聽，後恢複他的官職。
魏學曾在家鄉居住數年後死去。
葉夢熊因為功勞提拔為右都禦史。