形勢危急，上囤死守，派遣使者假裝投降。
李化龍令諸将殺死使者，燒掉來函。
因為劉纟廷與楊應龍舊有交情，曉谕他不要與叛賊私通，劉纟廷将使者拘禁以表明自己的态度。
八路部隊都彙集囤下，修築長圍圍困叛賊，輪番進攻。
六日，劉纟廷攻破土、月二城，楊應龍走投無路，與二妾自殺身亡。
第二天早晨，官軍進入城内，他的七個兒子都被抓到。
皇上下诏将楊應龍的屍體和他兒子朝棟在市中肢解。
從出兵到滅賊，共一百十四天。
播州從唐乾符中由楊氏統治，凡二十九世，八百餘年，到楊應龍時為止。
皇上将播州地設置遵義、平越二府，分屬川、貴兩行省。
李化龍起初聽到父親死去的消息，準備赴喪但因軍務需要，被起用，到這時乞求回家居喪。
萬曆三十一年(1603)四月起用為工部右侍郎，總理河道，與淮、揚巡撫李三才奏請開通淤塞的黃河，由直河入氵加口抵達夏鎮二百六十裡，避開黃河呂梁險峻地帶。
再次以父母去世離職，沒有人代替他。
朝廷品評他從前平定播州的功勞，晉升為兵部尚書，加少保官，庇蔭一個兒子世襲錦衣指揮使之職。
萬曆三十五年(1607)夏天，起用為戎政尚書。
李化龍認為京營乃根本之所在，上奏陳述有十一濫、十二苦、十九件宜做之事，又奏上屯政十二事，都被朝廷置之不理。
兵部從二十七年後，左、右侍郎都是虛設。
沒有多久，尚書蕭大亨也退休了，由李化龍掌管部裡之事。
三十七年正月，京師訛傳盜匪将到，老百姓争着逃避。
邊塞百姓逃入都城的也有數萬人，九個城門全部關閉。
輔臣說兵部尚書隻有一個人，何以能應付突然的變化，皇上也不聲張。
遼東戰士二萬都是老弱貧殘之人，而稅監高淮殘暴，遼東人恨得咬牙切齒。
李化龍請求停止收稅課、增加兵士數萬人，又呈上兵士糧食、和議、戰鬥之策，皇上皆不批示下來。
一品任期滿後，加柱國、少傅兼太子太保。
死于任上，終年七十歲。
谥号襄毅，贈少師，加贈太師。
李化龍具有文武之才。
播州戰役，因劉纟廷驕縱，故先壓制他，再推崇其才，所以劉纟廷盡心盡力。
開通黃河之功，對漕運渠道永遠有利，詳細情況見《河渠志》。