這是太平的氣象，陛下願意聽到的嗎？請求下诏，不是官吏吞沒的，其他欠租全部免除。
老百姓的困難得到解除，災害自然沒有了。
“陛下登基時，任用正直的大臣石星、李巳，大臣們無不感到欣慰。
現在趙參魯糾正時弊被貶為典史，餘懋學上陳時政被禁止終身參予政治。
其他像胡軌禮、裴應章、侯于趙、趙煥等議論朝政，被冷落在一旁。
如初時政情相比如何？我請求提拔趙參魯在京城任職，恢複餘懋學的官職，以作為大臣進言的榜樣。
”
上疏呈上，張居正認為疏中提到王安石之語是影射自己，大怒，下旨責問；又因為奏中論及到餘懋學，将他逮捕下獄，嚴厲追問他的黨羽。
傅應祯臨死都沒有承認什麼，于是被貶到定海。
給事中嚴用和、禦史劉天衢等上疏營救，皇上不聽。
當傅應祯被關進獄中後，給事中徐貞明帶着禦史李祯、喬岩看望他。
錦衣帥餘陰上告，三個人也被貶。
萬曆十一年(1583)，皇上采納禦史孫繼先的意見，下诏恢複他的官職。
皇上将臨幸昌平檢查墓道，而薊鎮出現軍事警報，傅應祯勸皇上不要去，且上陳邊防戰備特别詳悉。
皇上以獎賞的語氣予以回答。
不久，提升為南京大理寺丞。
臨行前，上奏推薦了海内知名人士三十七人。
沒有多久，因病歸家，三年後去世。
贈本寺右少卿。
傅應祯同縣人劉台同時中進士，擔任禦史，同樣得罪張居正招緻禍患，鄉人一同在祠堂祭祀他們。