顧憲成聰明過人，幼年就有志于聖學。
既然被削籍在家，更加深入研究，力主排斥王守仁“無善無惡心之體”的學說。
無錫舊有東林學院，是宋代楊時講道的地方，顧憲成與其弟顧允成倡導修複它，常州知府歐陽東鳳與無錫知縣林宰為之營建。
落成後，顧憲成帶領志同道合的高攀龍、錢一本、薛敷教、史孟麟、于孔兼輩在其中講學，學者稱他為泾陽先生。
當時，士大夫的抱負為世不容，于是退隐山林，聞風響應，以緻學舍容納不下。
顧憲成曾經說：“在朝廷做官，志向并不在皇上，在邊地做官，志向不在民生，居于水邊林下，志向不在世道，君子是不這樣做的。
”所以他在講學之餘，往往議論朝政，品評人物。
朝廷之士仰慕他的風範，多和他遙相呼應。
由此東林名聲大噪，而忌恨的人也多。
等到淮南巡撫李三才被彈劾，顧憲成送信給葉向高、孫丕揚為他恢複名譽。
禦史吳亮将它刻在邸抄中，攻擊李三才的人大嘩。
而那時于玉立、黃正賓等人依附其間，頗有輕浮好事的名聲。
徐兆魁之徒于是以此為攻擊東林黨的口實，徐兆魁在奏疏上攻擊顧憲成，肆意诋毀。
聲稱浒墅有條小河，東林黨占用其稅收作為書院的費用。
關使到，東林就以文書招請，假使關使沒有應邀前往，也必定給予豐厚的報酬；講學所至，仆人随從如雲，縣令令館舍予以供應，沒有二百金辦不到；聚會時必定談論時事，郡邑做事偶然與他們意見不同，必令郡邑改正；受了黃正賓賄賂。
他的話沒有一句得到證實。
光祿丞吳炯上奏為顧憲成一一辯白，因而說：“顧憲成送信救李三才，是有些出格，我嘗責怪他，顧憲成也後悔。
現在顧憲成被誣告，天下将因此作為講學的懲戒，閉口不談孔、孟之道，國家正氣從此而耗減，不是小事情啊！”奏疏上後，皇上不予回答。
嗣後攻擊顧憲成的人沒有斷絕，等到他死後，還有人攻擊。
凡是救李三才的，争論辛亥京官考察的，護衛太子的，揭發韓敬科場舞弊的，請勘查熊廷弼的，為張差梃擊而抗旨上疏的，最後争論移宮案、紅丸案的，違背魏忠賢的人，都被指為東林黨人，沒有一天不遭到抨擊。
憑借魏忠賢的邪惡勢力，将他們一網打盡。
殺的殺，禁的禁，賢明之士再也見不到了。
崇祯登基後，漸漸有所任用。
但朋黨勢力已經形成，無恥小人勢力大張，使國家受害，明代滅亡後才停止。