魏允貞，字懋忠，南樂人。
萬曆五年(1577)中進士，授職荊州推官。
大學士張居正回家安葬，群吏争先恐後趕去，魏允貞一個人沒有去，而且還鞭打他的仆人。
評定政績時他列為最佳一等，升為禦史。
吏部尚書梁夢龍被罷官。
魏允貞說：“吏部官職重要，過去都在會同推薦選任之前，有關官吏都受到當政之人和司禮中官的影響，所以任用了一些不恰當的人。
”皇帝接受了他的意見，特地任用嚴清，中外感到信服。
不久，他彈劾兵部尚書吳兌，吳兌引咎辭職。
過了不久，他上疏陳明有關時弊的四事，說：“自從張居正竊取權柄，吏、兵二部升遷、授職須先報告他，所以任用的都是與他有私交的人。
陛下應當與輔臣好好考察兩部的負責人，讓他們有自己管轄的事宜。
使輔臣不要侵犯部臣的權力而謀取私利，部臣也不能乘輔臣的空隙自行其私，則官風自會整肅。
自從張居正的三個兒子連連進入制科，遺留的禍患到現在還未停止。
請從今天開始輔臣子弟中了進士，等到離職後才允許參加廷試，或許可以使寵幸之門稍有杜絕。
自從張居正讨厭聽到正直的言論，每遇到科道員有空缺，都選擇才性便于利用、善于谄媚、迎逢的人授給，緻使正當的言論聽不到了，小人得志。
從現在開始考察、選任官吏時，陛下應該嚴厲告誡有關部門，不要重蹈故轍。
自從與俺答互市以後，邊備松弛。
三軍的月饷，克扣一半以充市場賞賜，又克扣另一半給達官要人，士兵沒有隔夜的糧，怎麼能抵禦邊寇呢？來自遼東的戰功，尤其到了令人驚異的程度。
軍隊的聲譽日益振奮，而人口天天比過去有所減少。
奏報失實，升遷出格，賞罰無章，何以能衛國？”奏疏上傳後，皇上把它下到都察院。
先前，張居正對其子有私心，其他輔臣呂調陽兒子興周，張四維兒子泰征、甲征，申行時兒子用懋，都相繼舉進士。
甲征、用懋即将廷試，魏允貞的上疏剛好送上。
張四維大怒，說：“臣在政府做事，沒有什麼不應當聽說的。
因為前人行私，就不讓臣過問吏、兵二部事，這不是制度。
”因而為他兒子辯誣，而且乞求告老回鄉。
申時行也上疏争辯，皇上一同安慰挽留，責備魏允貞言詞過當。
戶部