相繼為李三才申辯。
大學士葉向高說李三才已閉門等待治罪，為朝政考慮，應立即定下他的去留問題。
皇上一概不予回答。
不久，南京兵部郎中錢策，南京給事中劉時俊，禦史劉國缙、喬應甲，給事中王紹徽、徐紹吉、周永春、姚宗文、朱一桂、李瑾，南京禦史張邦俊、王萬祚，又連着上奏彈劾李三才。
而給事中胡忻、曹于汴，南京給事中段然，禦史史學遷、史記事、馬孟祯、王基洪，又上疏為他申說救助。
一時間，朝臣聚訟，過了幾個月還沒有平息。
顧憲成于是寫信給葉向高，極力稱贊李三才廉潔、正直，又寫信給孫丕揚極力為他辯護。
禦史吳亮素與李三才要好，就把兩信附在邸報之中，由此議論更為喧嘩。
喬應甲又上了兩疏極力攻擊他，列舉了李三才十貪五奸之事。
皇帝都不聞不管。
李三才又再三請求辭職，奏疏上了十五道，過了很久不見命令下來，于是自己就走了。
皇上也沒有怪罪他。
李三才已在家鄉定居，恨他的人害怕他再次被任用。
萬曆四十二年(1614)，禦史劉光複彈劾他盜用皇木二十二萬根營建私邸，而且說李三才與于玉立遙相呼應，他想任用的，吏部就為他推舉。
李三才上疏申辯，請求派遣宦官調查。
給事中劉文炳、禦史李征儀、工部郎中聶心湯、大理丞王士昌，幫助劉光複攻擊李三才。
李征儀、聶心湯，是三才推舉的官吏。
李三才氣憤異常，自己請求登記家産。
工部侍郎林如楚說應當派遣使者檢驗一下。
劉光複再次上疏，并說他侵奪官廠為自己的園苑。
禦史劉廷元率部屬又接着上奏，且潘汝祯又特地上奏彈劾。
不久，巡按禦史顔思忠也上疏證實了劉光複所說的。
李三才更為憤怒，請求各位大臣一同勘查，又乞求皇上親自審問。
皇上于是下诏讓李征儀帶領給事中吳亮嗣前往。
第二年，劉光複因事被下獄。
李三才表面上請求釋放他，而極力為東林黨人辯白，說：“自從沈一貫僞造妖書，任意殺戮楚王宗族，滿朝正直之人将他攻擊出廷。
接着湯賓尹、韓敬考場作弊，咎由自取，與别人何幹。
現在的黨人動不動就與正直的人為仇敵，王士昌、劉光複尤其厲害，挺身而出，極力為沈一貫、韓敬報仇。
亂說一氣，百般攻擊。
就賢明的大臣來說，葉向高走了，王象乾、孫玮、王圖、許弘綱走了，曹