累到自己，搜查他的奇珍異寶，盜用的龍文、服飾、器物。
程守訓和他的幫兇都被逮捕受到法律的制裁，遠近地方人心大快。
萬曆三十四年(1606)皇帝的孫子出生。
皇上下诏合并礦稅，釋放囚犯，起用被解職的官員，增補禦史，不久卻不全部實行。
李三才懷疑首輔沈一貫從中作梗，便上疏暗中诋毀沈一貫。
接着，他又說：“恩诏已頒布，立刻又中途停止，在路上人們說前幾天的新政不過是陛下一時心喜，所以旋開旋閉。
”又說：“沈一貫擔心沈鯉、朱赓威逼自己。
又害怕他們有所争執，暴露了自己的短處，害怕事情不由自己去做，就想從中使壞。
他行賄左右的人，多方煽動，緻使新政遇到阻力。
”皇上得到奏疏，感到很震驚，下诏嚴厲責問，将他的俸祿停發了五個月。
第二年，暨祿死。
李三才因而請求下诏将天下的稅使全部撤離，皇上不聽，命令魯保兼任暨祿的職務。
當時，顧憲成住在無錫，在東林書院講學，喜歡品評人物。
李三才與他有深交，顧憲成也極信任他。
李三才曾經請求增補大僚，選拔科道，錄用被貶的官員。
因而說：“各大臣隻因為議論一有觸及到掌權的人，便永遠不被任用，他們并沒有違背陛下。
現在有些人假皇上的威風禁锢大臣，又借他們違抗陛下的名義替自己的罪過掩飾。
有負國家有負君王，沒有比這個罪更大的了。
”意在為顧憲成等人呼籲。
不久，又極力陳明朝政的敗壞，請求皇上奮發有為，與天下一起有所變化。
而且極力說明遼東一帶危急，必定難以永保安全。
皇上都将其置于一邊不加理會。
李三才有雄才大略，在淮上一帶幹了很久，以抑止稅監深得民心。
待淮、徐一帶發生災害，他又請求赈恤，減免馬價。
淮上之人深為崇敬他，逐漸地升至戶部尚書。
正好内閣缺人，建議的人認為不應當專門隻用文學侍從，應該讓地方官也參加補缺，李三才依次被召進朝中。
由此忌恨他的人日衆，诽謗他的言論四起。
工部郎中邵輔忠彈劾李三才表面上是忠臣其實是個大奸賊，表面上正直實質上狡猾，列舉他貪污、虛僞、險惡、專橫四大罪狀，禦史徐兆魁接着彈劾。
李三才上了四份奏疏為自己極力辯護，而且乞求退休。
給事中馬從龍，禦史董兆舒、彭端吾，南京給事中金士衡