，皇上不親自去。
王汝訓極力勸谏。
皇上很憤怒，但因為他說的是直話，也不怪罪他。
不久，他升為太仆卿，調為光祿。
王汝訓先前為少卿時，寺中每年花費二十萬，到這時濫增四萬多。
王汝訓依據《會典》，請求将内府的見食全部減去，皇上不許。
萬曆二十二年(1594)他改任左佥都禦史。
不久，又升為右副都禦史，巡撫浙江。
王汝訓生性耿直、廉潔，嫉惡如仇。
巡撫禦史南昌彭應參平素也以正直、嚴厲著稱，兩人互相支持全力鋤除豪門。
烏程舊尚書董份、祭酒範應期居家行為多有不軌，王汝訓正準備将他繩之以法。
剛好彭應參到了，與範應期有仇的人家千餘人遮蔽道路、呈上牒子。
彭應參操之過急，命令烏程知縣張應望抓住他，範應期自殺身亡，他的妻子吳氏到官府喊冤。
皇上命令逮捕彭應參、張應望，在獄中審問，革去王汝訓的職務，責備吏部都察院任用不恰當的人。
尚書孫丕揚、都禦史貞吉等伏罪，且上疏救援王汝訓等。
皇上怒氣未消，将救援彭應參的給事中喬胤等貶出京城。
言官為王汝訓、彭應參辯冤也涉及到喬胤，皇上更為不高興，奏疏上來後，就重重責罰喬胤，除掉他的名籍，貶谪張應望戍守煙瘴之地。
王汝訓居家十五年後，起用為南京刑部右侍郎。
後召改為工部，署理部事。
起初，礦稅興起，以資助修建大殿為名，後全部輸入内庫，不足以營建大殿，而四方采伐樹木的需要多達千萬，經費更加不夠，王汝訓屢次請求發放錢财補助工程，都沒有得到答複。
在工部一年多的時間裡，大力整治過去的陋習。
宦官請求經費，就上奏堅持不給，節省無益費用數萬。
死後，被贈為工部尚書，谥号恭介。