蕭如薰，字季馨，陝西延安衛人。
萬曆中，由世襲百戶任職甯夏參将，守衛平虜城。
萬曆二十年(1592)春天，継拜、劉東陽占據甯夏鎮城反叛，派遣他們的黨徒四出攻城略地。
継拜的兒子継承恩攻掠玉泉營，遊擊傅桓拒守，被他的部下逮捕。
叛賊已經進攻中衛和廣武，參将熊國臣等棄城逃跑，鄰近各城皆望風而降。
叛賊土文秀掠平虜，唯獨蕭如薰堅守不下。
蕭如薰的妻子楊氏是前任尚書楊兆的女兒，賢明而足智多謀，支持丈夫死守，每天準備牛肉酒犒勞戰士。
継拜的養子継雲最為骁勇，引導河套著力兔急攻。
蕭如薰在南關設下伏兵，假裝戰敗，引誘叛賊進入伏擊圈，射死継雲，餘下的叛賊逃跑，他又襲擊著力兔的軍營，奪得大量的人口、牲畜。
著力兔氣憤異常，又來進攻，被麻貴擊退，平虜城得以保全。
起初，皇上聽說蕭如薰堅守孤城抗擊叛賊，大喜過望，重獎銀币，提升他為副總兵。
六月，蕭如薰以都督佥事任甯夏總兵官，統轄延綏、甘肅、固原各路援軍。
這年秋天與李如松等共同平定叛亂，再次提升官職為都督同知，襲錦衣衛指揮佥事，妻子楊氏也被旌表。
萬曆二十二年(1594)八月，蔔失兔西犯定邊，闖入固原要塞，副将姜直無法抵禦，蔔失兔于是由沙梁破牆而入，直抵下馬關，縱橫内地近一個月。
蕭如薰被免官，姜直下吏部受審。
不久，蕭如薰又以總兵官之職鎮守固原。
河套邊寇進犯，蕭如薰擊退了他們。
青海的邊寇糾集番族進犯洮、岷，蕭如薰和臨洮