他，皇帝也不答複，葉向高于是稱病不出。
皇帝多次下诏，于是出來管理事務。
不久，又說：“我多次請求辭職，都承皇上恩典挽留。
皇帝不應當隻關心我一個人的去留，而應當更關心國家的治亂。
當今國家到處都是災荒死亡，畿輔、中原、齊、魯的流民塞滿了道路，加上内外空虛，人才都沒有任用。
罪責不在别人身上，我怎能不辭職。
況且陛下任用我，就應當實行我的建議。
現在奏章不下發，大官不補任，選舉任免制度得不到實行，我微薄的忠誠不能報答皇上，即使留任又有什麼益處。
皇上果真能采納我的意見，而不隻是讓我徒占虛位，我的生命即使像朝露那樣消失得快，我也三生有幸。
”皇帝還不覺醒。
京師發大水，全國很多地方報告水旱災害。
葉向高又說：“從閣臣到九卿台省，官府衙門都空無其人，南京九卿也隻有二人。
國家的方面大吏，從去年秋天到現在，還不曾任用一個人。
陛下什麼事情都不管，國家長此下去，我擔心一旦發生變故，将不可收拾啊。
”皇帝還是不覺醒。
萬曆四十年(1612)春天，葉向高以為曆代帝王中，在位達四十年以上，從三代以來直到當時隻有十人，規勸皇帝大力推行新政。
于是又請求皇帝選用人才。
皇帝也不答複。
葉向高的意圖得不到實行，沒有一個月不要求辭職的。
皇帝每次都降旨勉勵挽留他。
葉向高又說：“我的去留可以置之不理，但百官一定不能都讓位子空着，台谏一定不能都廢除了，各方的巡撫一定不能不讓人代替。
朝廷内外離心，宮城之内怨聲載道，禍害無法預測，而陛下一定要與臣屬隔絕，幕僚不能盡忠效力，六部的官員不能各負其責，整個國家沒有一個可以信任的人，而自以為有神機妙算，我恐怕自古以來聖明的帝王沒有用這種方法治理國家的。
”
在這之前，葉向高得病了，内閣中沒有人，在葉向高家中草拟奏章诏書達一月之久。
到了現在，葉向高卧床的時間更長，仍像先前一樣在家中拟旨。
有人認為這不成體統，葉向高也自以為不妥當，堅決乞求辭職。
皇帝最終不任命其他人為宰相，派遣鴻胪官去安慰挽留他。
到皇帝萬壽節時，才開始出來做事。
在這之後，葉向高主持癸醜的會試，奏章都被送到考場上，真是一件奇怪的事情。
皇帝考核選拔了科道官員七十多人，任命長時間不下達。
葉向高幾十次上疏懇切請求。
過了兩年才下達。
言官增多之後，攻擊也就紛紛出現。
皇上心裡讨厭它，奏章全都被扣留而不下發。
葉向高請求把他們交給有關部門，确定他們的去留。
于是說：“大臣是小臣的綱領。
當今六卿隻有趙煥一人，而都禦史十年沒有補充新人，沒有人來彈劾監督，人心怎麼能安定呢？”皇帝隻是責備言官胡說，而大官卻一直不去補充，葉向高請求增加閣臣，奏章達一百多份。
皇帝才任用了方從哲、吳道南。
葉向高上疏稱謝，于是請求辭職，皇帝下诏不答應。
萬曆四十二年(1614)二月，皇太後駕崩。
三月，福王回封國。
葉向高乞求離職更加頻繁，奏章寫了十幾道。
到了八月，皇帝同意他離職。
葉向高因為三年考績，提升為太子太保、文淵閣大學士；記錄延綏的戰功，加封少保兼太子太保，改任戶部尚書，進武英殿；一品官三年期滿，加封少傅兼太子太傅，改任吏部尚書，進建極殿。
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