很不高興，準備重罰文選郎，葉向高也營救，使他得以幸免。
給事中陳良訓上疏指責有權勢的太監，魏忠賢摘取奏疏中“國家命運将要終結”的話，命令将他下獄，窮追教唆之人。
葉向高以辭職相争，于是隻剝奪陳良訓的俸祿而已。
熊廷弼、王化貞獲罪當死。
言官勸皇帝盡快處決他們。
葉向高請求等司法部門複核之後再決定。
皇帝同意了。
有人請求将全國各省、府、州、縣的倉庫儲蓄全都搜刮運到京師，葉向高說：“省城的庫藏都已窮盡了，封王的倉庫裡還稍有富餘。
倘若全都搜刮盡了，突然出現像山東白蓮教叛亂一類的事變，拿什麼去對付呢？”皇帝都不接受。
魏忠賢既然已經懷恨葉向高，而當時朝臣跟魏忠賢對抗的都依靠葉向高，魏忠賢于是總是故意拿一些小事，責備葉向高，使他為難。
葉向高多次要求辭職。
天啟四年(1624)四月，給事中傅魁彈劾左光鬥、魏大中勾結汪文言，利用職權接受賄賂，皇帝下诏命令将汪文言下獄。
葉向高說：“汪文言在内閣辦事，實際是我提名的。
左光鬥等人勾結汪文言的事情不明不白，我任用汪文言卻是清楚的。
乞求陛下隻處罰我一人，而寬免其他人，來消除官員們的災禍。
”于是葉向高極力要求盡快罷免自己。
在當時，魏忠賢想獨攬大權，害怕那些在朝的正人君子，等候時機下手。
得到傅魁的奏疏十分高興，想借此羅織東林黨人的罪名，最終忌憚葉向高等舊臣，連同左光鬥等人都沒有定罪，隻處罰汪文言一人。
然而東林黨的災難從此開始了。
到了六月，楊漣上疏彈劾魏忠賢的二十四大罪狀。
葉向高認為事情到了決裂的份上，是極不應該的。
廷臣先後上疏數十次，有人勸葉向高頒布這事，可以擊敗魏忠賢。
葉向高考慮到魏忠賢并不能輕易除掉，閣臣從中斡旋，還有希望不至釀成大禍。
于是上疏稱頌魏忠賢勤勞，朝廷太寵愛他，盛名之下難免招緻非議，應該解除他的權力，讓他回老家，保全他的始終。
魏忠賢不高興，假傳聖旨為自己表功，累計一百多字。
葉向高吃驚地說：“這不是太監所能夠幹的，一定是有人代替他起草的。
”偵察後得知，此人就是徐大化。
魏忠賢雖然氣憤，但因為外廷勢力還很強大，并不敢加害葉向高。
他的黨徒中有人勸導他制造大案，魏忠賢這才下定決心。
在這之後，工部郎中萬火景因彈劾魏忠賢而遭受廷杖刑罰，葉向高極力營救，無效，萬火景死于棍下。
不久，禦史林汝翥也因為冒犯太監而遭廷杖。
林汝翥很害怕，投奔遵化巡撫駐所。
有人說林汝翥是葉向高的外甥，衆太監包圍葉向高的住宅大聲喧鬧。
葉向高認為自己對國家的時事已無能為力，乞求離職已達二十多次，到這時請求離職更加堅決。
皇帝于是命令加封葉向高為太傅，派行人護送他回家，賞賜給他的财物比按常法賜予的還要多。
不久皇上聽任他辭去太傅，有關單位每月給他五石米，八個轎夫。
葉向高被罷免後，韓火廣、朱國祯相繼成為首輔，沒多久都被罷免了。
占據要職的都是些小人，清高的士大夫們無所倚靠。
魏忠賢首先誣陷殺死了楊漣，然後是左光鬥等人一個一個地被殺害、侮辱，貶除朝廷中的異己分子，好人都被趕走了。
熹宗去世，葉向高也在當月去世，終年六十九歲。
崇祯初年，追贈為太師，谥号文忠。