孫玮，字純玉，陝西渭南人。
萬曆五年(1577)進士，任命為行人，提升兵科給事中。
彈劾中官魏及、東廠辦事官鄭如金的罪行，鄭如金被皇帝下诏定罪。
二人都是馮保的心腹。
當初，張居正因為刑部侍郎同安洪朝選減輕遼王的罪責而懷恨在心。
後來勞堪巡撫福建，迎合張居正的意圖，含蓄地暗示同安知縣金枝搜集摘取洪朝選的事情，勞堪趕緊上奏奏明，命令還沒有下達，就将他逮捕關進了監牢，三天不讓他吃飯，餓死了，禁止裝殓，屍體在牢獄裡腐爛了。
勞堪不久征召升為左副都禦史，人還沒有到北京張居正就已死了。
洪朝選的兒子、都察院佥校洪競到城門下叫冤，勞堪又飛快寫信給馮保，剝奪了洪競的官籍，受廷杖刑然後遣送回家。
直到此時，孫玮向皇帝揭發了這件事以及勞堪各種貪婪暴虐的情形，免了勞堪的官。
不多久，洪朝選的妻子上訴冤屈，丘木舜也為他申訴，洪競又援引胡木賈、王宗載的故事，請求和勞堪一起死，于是将勞堪流放戍邊。
這個時候，廠衛繼承馮保的餘威，随便接受老百姓的訴訟官司；巡撫巡按官員尋訪察問奸情，大多連累無辜的人；有關部門斷案，往往在本罪之外加重刑罰，皇帝喜歡用“立枷”，重達三百多斤，受這刑的人馬上就死。
孫玮都極力陳述它們的危害。
下诏除“立枷”照原樣外，其餘的都按孫玮說的改了。
因為母親病了，不等皇帝命令就擅自跑回家，被定罪貶職為桃源縣主簿。
過了很久，調任提升為太常寺卿。
萬曆三十年(1602)以右副都禦史的身份巡撫保定。
朝鮮戰争期間駐兵天津，每月六萬兩糧饷，都從民間征集。
前任巡撫汪應蛟役使士兵大修水田，收獲所得充為軍饷。
孫玮繼承他，開墾田地更多，從而免除另外加派賦稅。
連年遭災，不是旱災、蝗災就是大水，莊稼歉收，孫玮想方設法赈救災民，皇帝也時常從國庫拿錢出來幫助他。
上報救荒措施，都答應了。
京城附近的礦使是其他省份的一倍，礦開采完了搜刮卻沒有停止，到了每年責備百姓賠償貢納的地步。
孫玮多次上疏陳述它的危害，并且條列了天津稅使馬堂的六大罪狀，皇帝都不省悟。
升任兵部侍郎，征召任命為右都禦史，監督倉場。
提拔為戶部尚書，依舊監督倉場。
大官多有空缺，命令他代理軍政。
不久，又兼理兵部。
孫玮說：“陛下把國家的三個大印都交給卑職，難道國家真的沒有人才嗎？據卑職所知，大官就有呂坤、劉元震、汪應蛟，一般的官僚就有鄒元标、孟一脈