、趙南星、姜士昌、劉九經，台谏官就有王德完、馮從吾等一批人，都是道德品行雙美之士，足以擔當重任。
假使再過幾年，陛下想要用他們，已經不能夠了。
”皇帝不聽。
都禦史自從溫純離開後，已經空缺八年了。
等到萬曆四十年(1612)十二月，在外官員的考期臨近，才命令孫玮以兵部尚書的身份掌管左都禦史的事情。
孫玮的聲譽一向很好。
正準備整頓紀律，但這時朋黨勢力已經形成，言路勢力強盛，趕上南畿巡按禦史荊養喬同提學禦史熊廷弼相互攻讦，孫玮奏議将熊廷弼解職，等候調查。
熊廷弼的同夥官應震、吳亮嗣等一幫人于是接連上疏攻擊孫玮。
孫玮多次上疏乞求辭職，皇帝都安慰他讓他留下來。
沒過多久，吏部按每年慣例派二禦史外出，沒有告知都察院，孫玮以為自己失職，便更加請求離職，上了十多道疏。
第二年七月在文華門磕頭，到城門外等候命令。
到了十月份，才批準告老還鄉。
天啟元年(1621)，起用為南京吏部尚書，改任兵部，參贊機要事務。
三年征召授職刑部尚書。
拘囚的罪犯太多，以至于監獄都容納不下。
孫玮請求讓京都附近的州縣就地拘囚。
内使王文進殺人，交給司禮判罪，他的同謀交給法律部門。
孫玮說一件案子不能分在兩個地方，請求将王文進一起下獄，皇帝不聽。
這一年冬天，以吏部尚書的身份又一次執掌左都禦史的事情，多次以年老多病相推辭，不準。
第二年秋天，病重，上疏說：“現在天災不斷，民不聊生。
對内則國家堪憂，對外則邊防不穩。
法紀松弛，人心渙散。
陛下想要國家太平，應該先安定民心，要想安定民心，應該先起用好人。
原來的輔臣劉一火景，憲臣鄒元标，尚書周嘉谟、王紀、孫慎行、盛以弘、鐘羽正等，侍郎曹于汴，詞臣文震孟，科臣侯震..，台臣江秉謙，寺臣滿朝薦，部臣徐大相，都是老成持重、品行正直的人，卻埋沒民間，多麼令人感歎、惋惜。
倘若蒙陛下選拔起用，一定能夠發揚美德、杜絕邪惡，替陛下安撫民心。
卑臣懇切希望陛下節制欲望以保養聖體，勤奮學習以增進美德，态度寬厚以增廣言路，決斷英明從而掌握國家大權。
臣患病太重，沒有機會報答皇上，冒昧地竭盡我微小的心意，權當以死勸谏。
”不久逝世，贈為太子太保。
魏忠賢當權，陝西巡撫喬應甲彈劾孫玮平素與李三才、趙南星結黨，不應當貪圖冒領皇上的恩恤。
皇上下诏将诰命收回，剝奪他的蔭庇。
崇祯初年又予以恢複。
後來谥号為“莊毅”。