天啟二年(1622)，吏部将任命他為左副都禦史，鐘羽正推辭說：“馮從吾先生做佥都禦史已經很長時間了。
我是後來人，排在他前面，是助長争逐之風。
西禦史台是什麼地方，難道有這種風氣存在的位置？”于是接受佥都禦史而讓馮從吾當左副都禦史。
剛進入官署，就說：“方從哲進獻藥丸讨論谥号，封太後遷移宮室，沒有謀略而少決斷，既巧言媚上又妄言欺下，應該免除他的官級，讓他接受法律的懲罰。
沈翭與宮内相勾結，攬權行賄，應該立即把他趕走。
”朝中邪佞之輩都不高興。
熊廷弼、王化貞的官司，大家議論紛揚。
鐘羽正說：“以前開原、鐵嶺的罪責不明，導緻喪失了遼陽，遼陽的罪責不明，導緻喪失了廣甯。
國家的疆土，怎麼經受得起三番五次地丢失。
”由此這二人都被定罪處以重刑。
正好朱童蒙用講學的事情來攻擊鄒元标及馮從吾，鐘羽正說書院的設置，實在是北京城裡的第一好事，不應該禁止，于是請求退休。
沒多久，代替馮從吾當左副都禦史，後改任戶部右侍郎，監督倉場。
第二年春天，授官工部尚書。
太監隔一年發一次冬衣。
這年夏天六月份，衆太監一千多人請求預領冬衣，蜂擁入官署，打碎辦公桌椅，毆打辦事員，謾罵着離開了。
大概是忌恨鐘羽正的人唆使太監故意與鐘羽正為難。
鐘羽正因為這事上疏請求辭職。
皇帝下诏讓司禮太監棒打衆鬧事太監，把他們貶職，谕示鐘羽正出來處理事務。
鐘羽正請求離職更加堅定，于是說：“現在國庫空虛，九邊的戰士日夜枕戈待旦，卻吃不到一頓飽飯。
慶陵的工人登高負重，頂烈日冒酷暑，卻得不到工錢。
唯獨宮内的官員有什麼請求，早上報告打上來，晚上就批準了。
這事傳揚出去，哪個不憤慨？卑臣不能克盡職稱，按理應該罷官免職。
”又上了三道奏疏，自行引退了。
過了一年，閹黨霍維華追查三案，說鐘羽正投身于幫派之中，于是剝奪了他的官級。
崇祯初年，恢複他的官級。
不久去世，贈太子太保。