，曾在皇帝面前稱贊他的才幹。
有一天，派遣内親傅應星介紹一位中書拿着禮物來拜見他，趙南星把他趕走了。
曾與魏忠賢一起坐在弘政門下，選拔通政司的參議，态度嚴肅地對魏忠賢說：“皇上年幼，我們這些朝廷内外的臣子應該各自努力做好事。
”魏忠賢一聲不吭，憤怒之情溢于言表。
大學士魏廣微，是趙南星的朋友魏允貞的兒子，向來以世交子弟撫養他，魏廣微進入内閣，曾三次到趙南星家，都被拒之門外，又曾經感歎說：“見泉沒有兒子。
”見泉是魏允貞的别号。
魏廣微恨之入骨，與魏忠賢相勾結來陷害趙南星。
東林黨勢力昌盛，大批正直的人充盈朝廷。
趙南星加倍尋找舉薦被遺漏的東林黨人，把他們安排在各個部門。
高攀龍、楊漣、左光鬥執掌法令；李騰芳、陳于廷輔助選舉；魏大中、袁化中主管科道；鄭三俊、李邦華、孫居相、饒伸、王之肕等人全部放在部裡執政。
而這四司的下屬官員鄒維琏、夏嘉遇、張光前、程國祥、劉廷谏也都受到民衆的稱頌。
朝廷内外欣喜地期望能有所作為，而小人側目，更想趕走趙南星。
給事中傅魁以鄒維琏改任吏部自己不知道為由，首先憑借汪文言發難，彈劾趙南星改變舊制，培植私黨。
鄒維琏引咎辭職，趙南星上疏挽留他，小人更加不滿。
正好楊琏上疏彈劾魏忠賢，宮中太監與政府官員更加對立，勢同水火。
趙南星于是閉門乞求退休，皇帝不同意。
高攀龍彈劾崔呈秀，趙南星疏論讓他充邊。
崔呈秀處境窘迫，連夜跑到魏忠賢的住處，叩頭哀求，說：“趙南星、高攀龍、楊漣等人不走，我們二人将不知死在哪裡啊。
”魏忠賢認為的确是這樣的，于是和他一起制定陰謀。
恰巧山西巡撫空缺，河南布政使郭尚友想得到它。
趙南星認為太常寺卿謝應祥有好名聲，将他列在第一位請求皇帝批準。
已經獲得聖旨恩準，禦史陳九疇受魏廣微的指使，說謝應祥曾出知嘉善，魏大中是他的門生，魏大中以師徒關系的緣故，同文選郎夏嘉遇商量啟用他，徇私舞弊理當斥責。
魏大中、夏嘉遇上疏争辯，語言涉及陳九疇。
陳九疇再次上疏極力诋毀，二疏一起交給部裡讨論。
趙南星、高攀龍确切指出謝應祥是因為在群衆有聲望而被推薦