都不能幸免。
政府難以承受。
給事中劉道隆于是彈劾吏部建議留任被糾察的庶僚不合法。
皇帝下旨，認為趙南星等人擅權培植自己的黨羽，将他降官三級。
不久由于李世達等上疏挽救，貶斥趙南星為平民。
後來議論挽救他的人都受到譴責，孫钅龍也離開了他的職位，一時間好人幾乎全走光了。
詳情見《孫钅龍傳》。
趙南星定居鄉裡，名聲更大，與鄒元标、顧憲成号稱為海内三君子。
朝廷内外上疏議論推薦他的不下百十起，終于沒被起用。
光宗即位，起用為太常寺卿。
不久改任右通政，提拔為太常寺卿。
到任後又提升為工部右侍郎。
數月之後，授官左都禦史，慷慨激昂地把治理國家當作自己職責。
天啟三年(1623)考核在京官員，因原給事中亓詩教、趙興邦、官應震、吳亮嗣在萬曆朝時結黨營私、擾亂朝政，建議貶黜他們。
吏科都給事中魏應嘉極力不同意。
趙南星著《四兇論》，終于同考功郎程正已認定四人不合做官體統，其他考核汰除情形，完全跟他做考功郎中時相同。
浙江巡按張素養舉薦部内的人才，包括了姚宗文、邵輔忠、劉廷元。
趙南星揭發他的錯誤，張素養被定罪剝奪俸祿。
在此之前，巡撫地方的人有提拔舉薦人才的先例，趙南星已上疏制止了。
而陝西高弘圖、山西徐揚先，宣府、大同李思啟，河東劉大受，還按舊例繼續實行。
趙南星一并上疏彈劾他們，巡撫地方的人這才知道畏懼法令。
不久替代張問達為吏部尚書，這個時候，人人千方百計奔走于升遷之道，賄賂公行，言官尤為橫行，每逢文選郎外出，就在半道上将他攔住，替别人求官，得不到滿足就說他的壞話，，或者把他趕走。
選官即使公正行使權力，也無法奈何他們，尚書也隻有歎息而已。
趙南星一向憎恨這弊端，銳意改革，一意推行自己的想法，政府官員和太監權貴也不能對他有什麼請求，各人害怕他的剛毅嚴肅也不敢有什麼冒犯。
有一位給事赀郎請求鹽運司的官職，趙南星就将赀郎注籍在王府裡，而将給事派往外地。
知縣石三畏一向貪财，巴結權貴将要調任京職，趙南星也把他安置在王府裡。
當時進士沒有在王府做官的，趙南星卻不顧惜。
魏忠賢向來推重他