被遺失的人才，但各老臣的官階還是三十年前就應該得到的，應該增加三品擡高他們的官級，表示陛下褒揚尊敬年高德重之人的美德。
”皇帝采納了他的意見。
于是北京和南京的太常寺、太仆寺、光祿寺三卿各增加了二個名額。
孫慎行議論“紅丸案”，鄒元标也上疏說：“人類所以存在，是因為有三綱五常。
三綱五常所以确立，是因為有信史。
我去年乘船經過南中，南中的知識分子都說先皇帝突然駕崩，死因不清楚，傳聞不可輕信。
我開始還不以為然。
等到進入北京城，跟人說起先皇帝有大德，應該盡快記入信史。
各大臣說：‘提到先皇帝彌留之際的大事，叫人停筆不敢下，有誰敢擔當這個責任？’我開始對前些天聽到的話有了懷疑。
首輔方從哲不伸張讨伐逆賊的正義，反而實行獎賞奸細的法令，即使是無心做事，又怎麼向世人解釋交待。
況且方從哲執政七年以來，沒有聽說有什麼建樹，隻聽見說騎在馬上一天打三次仗，損失我國十萬士卒。
請問是在誰當政期間，使先皇帝受到震驚，奸邪之人闖入内宮、豺狼當道，擾亂朝政？方從哲如何回答？從來懲戒亂臣賊子，都是依靠信史。
信史耽誤于今天，不知到何時才能寫成？”當時刑部尚書黃克缵觀望内廷的意圖，小官吏們都跟着他，而方從哲世代定居京城，盤根錯節的關系不少，崔文升一幫人迎合内廷，極力追究孫慎行和大家的議論，都不能陳述。
不久，孫慎行和王紀一起被驅逐，鄒元标上疏挽留，皇帝不聽。
鄒元标自從回到朝廷以來，不危言聳聽，不發表過激言論，對于事物沒有猜疑。
然而奸詐小人因為他是東林黨人，還是忌恨他。
給事中朱童蒙、郭允厚、郭興治擔心明年考核京官對他們不利，暗地裡想辦法趕走他。
正好鄒元标同馮從吾創建首善書院，集合志同道合的人講學，朱童蒙首先請求禁止。
鄒元标上疏辯論請求辭職，皇帝已經安慰挽留，郭允厚又上疏彈劾，語言尤其荒謬沒有根據。
而魏忠賢剛剛大權獨攬，傳旨說宋朝之所以滅亡是因為講學，将要嚴加譴責。
葉向高極力辯解，并且乞求一起辭職，這才下了道溫和的诏書，郭興治和郭允厚又交相上疏大力攻擊，郭興治竟然把他們比作山東的“妖賊”。
鄒元标更加堅定地接連上疏請求離職，下诏加贈太子太保，乘驿車回家。
閉門謝客，進呈《老臣請去國情深疏》，一一陳述軍國大計，而規勸皇帝節制欲望，人們争相傳誦。
天啟四年(1624)死在家裡。
第二年，禦史張讷請求拆毀天下的講壇，極力诋毀鄒元标，魏忠賢于是假傳聖旨剝奪他的官籍。
崇祯初年，贈太子太保、吏部尚書，谥号“忠介”。