孫慎行，字聞斯，江蘇武進人。
年輕時聽到外祖父唐順之的緒論，就十分喜好讀書。
萬曆二十三年(1595)，考中進士第三名，授職編修，積官至左庶子。
幾次請假定居鄉裡，閉門絕交，精心鑽研理學。
有人求見，都不接納，有人向他詢問政事，他也不回答。
萬曆四十一年(1613)五月從少詹事提拔為禮部右侍郎，代理本部事務。
正在這時，城郊祖廟大規模宴享各禮節，皇帝有二十多年沒有親自主持，東宮太子停止講讀已有八個年頭，皇帝長孫九歲了還沒有請外面的老師，瑞王二十三歲尚未成婚，楚王同族的人禁锢很久沒有釋放，代王廢除大兒子立小兒子，好久都不更正，臣子的奏章上疏全部扣留禁中，福王府莊田超過四萬頃。
針對上述情況，孫慎行痛切進谏。
此後，考慮到東宮太子開講，皇帝孫子請老師，關系到宗廟社稷的安危，上疏多達七八次。
代王廢除長子朱鼎渭，立愛子朱鼎莎，李廷機當侍郎的時候主持這事，這以後，大臣們上疏一百多道争論，皇帝都不省悟。
孫慎行多次上疏力争，才得以改正。
楚王族人打死巡撫趙可懷，為首的六個人處以死刑，又将朱英女蕉等二十三人囚禁在監牢裡面，将朱蘊钫等二十三人關押在很遠的地方。
孫慎行極力辯白他們并非謀反，各人因此得以釋放。
皇太子雖已确立，福王還滞留京城，需要四萬頃莊田才離開，勢利小人多暗中偵察。
朝臣請求讓福王回王國的人越多，皇帝就越推遲他的行期。
孫慎行上疏十幾次，都不見省悟。
最後，貴妃又請皇帝挽留福王慶賀太後七十年的壽辰，大家的議論更加紛揚。
孫慎行于是聯合文武大臣跪在宮殿前極力請求，大學士葉向高也竭力争辯。
皇帝不得已，答應明年陰曆三月讓他回王國，大家的情緒才安定下來。
韓敬議論科舉考試，孫慎行準備廢黜韓敬。
他在家鄉居住時一向在東林講學，韓敬的同黨很忌恨他。
正好吏部侍郎空缺，朝廷議論讓李志改任吏部左侍郎，孫慎行為右侍郎，任命都還沒有下達。
禦史過廷訓于是說李志未到任，何必再推舉孫慎行，給事中亓詩教附和他。
孫慎行于是四次上疏請求回家，到城外等候命令，皇帝于是同意了。
不久考核京官，禦史韓浚等人因為催促福王回國，認為孫慎行求取功名，把他的名字寫進糾察過失的上疏中，皇帝清楚他無罪，孫慎行幸免于難。
熹宗即位，征召授官禮部尚書。
當初，光宗皇帝病情加重，鴻胪寺丞李可灼進獻紅鉛藥丸，不久皇帝駕崩，朝廷大臣輪流上書彈劾他。
大學士方從哲草拟聖旨讓他稱病回家，贈送給他金