責備李應祥冒領軍饷。
李應祥賄賂他八千兩銀子，被他上報了，罷了李應祥的官。
兵部推薦李應祥做南京右府佥書，給事中薛三才堅持不同意。
萬曆二十八年(1600)大規模征伐播州。
貴州總兵官董元鎮停留不前，總督李化龍彈劾他，推薦李應祥代替他。
這時軍隊分為八道，貴州分為烏江、興隆二道。
下诏董元鎮充當事官由烏江道進入，李應祥由興隆道進入，各道限定在二月十五日進兵。
李應祥還沒有上任，副将陳寅等人已連克數座敵營，将匪徒趕到四牌高囤下面，另外派小分隊從小路直搗龍水囤。
其他将領蔡兆吉又從乾坪抵達箐岡，經過四牌。
強盜頭子謝朝俸經營他的根據地，四面都是叢林峭壁，前面有二道關隘。
強盜們從高處往下呐喊沖擊，政府軍拼死作戰，俘虜了謝朝俸的老婆孩子，乘勝利之勢進抵河畔，正好碰到烏江失敗的書信到達，收拾部隊原地待命有十來天。
等到李應祥上任，便催促各将領快速渡河，陳寅等人于是一邊從其他途徑渡河，一邊卻偷偷地架設浮橋渡過大部隊。
各軍渡河後，匪徒失去可以憑借的天險，紛紛乞求投降，李應祥全都接受了。
匪徒所憑借的隻有黃灘關，它像牆壁一樣陡直，衆匪徒在那裡死守。
正好匪徒石勝俸等率領一萬多人投降，告訴說：“離黃灘三十裡有三個關隘，是進入播州的門戶，先攻取這三關，那麼黃灘就孤立難守了。
”李應祥同意了這個計劃，命令陳寅率領精兵四千人在夜晚抵達關下。
石勝俸帶着幾十個騎兵引誘匪徒開門，然後殲滅了守門匪徒。
黃灘的匪徒們害怕了。
陳寅統領各位将領渡河猛攻關前，石勝俸從墳林暗渡偷襲關後，匪徒于是大敗。
李應祥直達海龍囤，聯合各路部隊一起消滅了楊應龍。
播州平定後，回師鎮守銅仁。
第二年改派鎮守四川，播州匪徒的餘黨吳洪、盧文秀等人讨厭有關部門法令太嚴，而遵義知縣蕭鳴世又不得人心。
吳洪等人于是宣稱楊應龍還有兒子在世，聚集衆人叛亂。
李應祥随同副使傅光宅一起搜捕他們，将他們全部抓獲。
李應祥不久死于任上。
因為平定播州有功，贈左都督，世代蔭封為千戶。
李應祥作為将領，有勇有謀，所到之處都捷報頻傳。
平定四川三大盜匪，李應祥居功最多。