，兩軍發生沖突。
皇帝因為兩位将領都有戰功，放在一邊不去管它。
不久劉纟廷被罷免，劉天俸代替他。
劉天俸被逮捕，于是讓鄧子龍兼管。
鄧子龍壓制騰沖兵，每逢做工勞動，就虐待他們，而袒護姚安兵。
等到隴川打仗，鄧子龍故意制造人為的不平等，殺牛犒勞士兵，姚安兵是騰沖兵的二倍。
騰沖兵不堪忍受，都想開小差當逃兵。
副使姜忻讓其他将領管理他們，才安定下來。
而姚安長期驕橫，因索要軍饷不成而造反，由永昌、大理直達省城，所到之處燒殺搶劫，各路兵夾擊他們，斬首八十四級，俘虜四百多人，才把叛亂鎮壓下去。
鄧子龍因此被剝奪官職入獄。
萬曆十八年(1590)，孟養強盜思個叛亂。
鄧子龍正被審問，巡撫吳定請求讓他立功贖罪，皇帝同意了。
任命還未下達，吳定已經和黔國公沐昌祚派将領打退了敵人。
不久，丁改十寨的強盜普應春、霸生等人叛亂，勢力很強盛。
吳定大量征召漢族和土著人當兵，命令鄧子龍統帥右路，遊擊楊威統帥左路軍，大敗強盜，斬首一千二百級，招降六千六百人。
皇帝為此到郊廟告謝。
論功行賞，恢複鄧子龍副總兵的官職，代理金山參将事宜。
在這之前，猛廣土官思仁跟他的嫂子甘線姑通奸，想娶她做妻子，沒有成功。
跟他的同夥丙測一起叛逃緬甸，多次引導緬甸進犯内地。
二十年進攻孟養，進犯蠻莫。
土同知思紀逃往等練山。
鄧子龍打敗了他們才離開。
鄧子龍不久被人彈劾罷官回家。
萬曆二十六年(1598)，朝鮮戰争爆發。
下诏鄧子龍以原官職率領水軍，跟着陳瞞東征。
倭寇準備渡海逃跑，陳瞞派遣鄧子龍随同朝鮮統制使李舜臣率領水軍千人，駕駛三艘巨艦為前鋒，在釜山以南海面上迎擊敵人。
鄧子龍向來激昂慷慨，年齡雖已七十，更為意氣風發，想立頭功，迅速率領二百名壯士跳上朝鮮船，勇往直前打擊敵人，敵人死傷無數。
别的船将火器誤投到了鄧子龍的船中。
船起火，敵人乘機反撲，鄧子龍戰死。
李舜臣趕來救援，也戰死了。
消息傳來，追贈都督佥事，蔭封一個兒子做官，朝鮮修廟紀念他。