在房屋裡，沒有吃熱熟食。
有人想要放棄三岔河，退守廣甯。
方震孺請求在鎮武駐兵。
軍法不嚴，請求下令甯、前監軍，專門斬殺逃兵逃将，皇帝都聽從了他的意見。
然而這個時候，經略與巡撫不合，邊防事務更加敗壞了。
方震孺再次上疏說山海關沒有外衛，應趕快在中前所駐兵，作為山海關防衛的前哨，不聽。
第二年正月，任期滿，在前屯待命，而大清兵已第二次渡過三岔河。
先鋒孫得功沒有交戰，卻在鎮武高喊：“軍隊失敗了。
”于是逃跑。
巡撫王化貞在廣甯，也倉惶逃跑，各城駐軍也都聞風而逃，隻有方震孺的前屯沒有動搖。
正在這個時候，西平守将羅一貫已經戰死，參将祖大壽收拾殘兵駐紮在覺華島上。
于是方震孺召見水軍頭領張國卿商量說：“現在東路軍到處找糧食，聽說祖将軍在島上有二十多萬米豆，十多萬士兵，數萬百姓，無數的戰船、器械、牛馬，東路軍和島上部隊聯合以攻榆關，不是很幸運的嗎！”于是方震孺、張國卿航海去會見祖大壽，慷慨激昂地對他說：“将軍歸國，我們擔保你榮華富貴，如不歸國，我方震孺就死在将軍面前。
”祖大壽痛哭，方震孺也跟着流淚，于是一起回歸，獲得軍民辎重無數。
有一個名叫徐大化的主事，是魏忠賢的死黨，彈劾方震孺為“贓官”。
都禦史鄒元标舉筆說：“方禦史保全山海關，不僅無過而且還是國家的功臣。
”給事中郭興治于是借道學之名趕走鄒元标。
鄒元标離職，方震孺也随即被罷官回家。
第二年，魏忠賢、魏廣微大造冤案，再次招聘彈劾方震孺的人，郭興治再次追論方震孺在河西貪污贓款。
逮捕方震孺拷問，判處他藏贓款六千多兩，準備處以絞刑。
揚州太守劉铎詛咒一案又被提起，于是誣賴方震孺與他交往、勾結，犯了殺頭之罪，方震孺被逮捕下獄。
有一個巡邏的士卒常常幫助方震孺的飲食，方震孺問他，他說：“我的妻子，聽說您精忠衛國，親手做了獻給您。
”就報告宦官說：“某人因病革職，某人将死了。
”宦官的防備更松了。
第二年，莊烈帝繼位，方震孺得到釋放。
八年(1635)春天，流賊進犯壽州，壽州的長吏剛好調走了，方震孺倡議士大夫、百姓固守，賊人從此不敢逼近壽州。
巡撫史可法向上面彙報了他的功績，将他用為廣西參議。
不久，提拔為右佥都禦史，巡撫廣西。
京師陷落，福王在南京登基，當天方震孺就上奏勤王，馬士英、阮大铖很忌諱，命令他回到廣西。
方震孺竟因此郁郁憂憤而死。