遠的弟弟安邊為丈夫，頑固不肯服輸。
朱燮元乘勝利的軍威威脅趕走了安邊，于是收複了烏撒。
朱燮元以為境内的強盜大緻平定了，不想再打仗了，于是發布檄文招降安位，安位猶豫不決。
朱燮元集合将士讨論說：“水西一帶深險而多叢林，雨霧茫茫，不分白天和黑夜，深入其地難以出來。
目前應當控制交通要道，從四面不停地攻擊，敵人沒有糧食，将會被困死在裡面。
”于是圍攻了一百多天，斬首一萬多級。
劉養鲲又派人進入大方，燒了他的房屋。
安位非常害怕，崇祯三年(1629)春天，派使者來乞求投降。
朱燮元跟他約定了四件事：一、貶除官級，二、将水外六目的土地劃歸朝廷，三、交出殺死王巡撫的人的首級，四、開通畢節等九座驿站。
安位全都同意了，率領四十八人出來投降。
朱燮元受降，貴州也平定了。
于是上善後疏說：“水西從河以外，全都納入國家版圖。
沿河要害地帶，微臣築城三十六所，近控蠻苗，遠聯滇、蜀，都建立旅館，修好郵亭，修建了倉庫，賊人一定不敢冒犯進攻的，鴨池、安莊靠近河邊可以耕種的土地，不下二千頃，人們耕種土地可以自給，土地出産鹽、乳酪、牛羊、菱茭等物産。
各将士身經數百戰，都希望得一點土地來撫養自己的子孫，請求皇帝割取新占領土地封給他們，讓他們知道報答皇帝的恩典。
”皇帝同意了。
當初，奢崇明、安邦彥的死，實際是四川将領的功勞，而貴州将領卻争功。
朱燮元很有些袒護貴州将領，多次向朝廷報告，被四川巡撫禦史馬如蛟彈劾了。
朱燮元極力請求辭職，皇帝安慰挽留他。
這年冬天讨平定番、鎮甯叛亂的苗民，于是開通了威清等上六衛和平越、清平、偏橋、鎮遠、四衛的道路，總共一千六百多裡，修繕亭障，設置遊動的巡察。
貴陽東北有洪邊十二馬頭，是原宣慰使宋嗣殷的領地。
宋嗣殷因協助安邦彥而被剿滅，于是在他的領地設置開州，又奏請恢複原施秉縣，招集流民充實它。
崇祯四年(1631)，阿迷州土官普名聲叛亂，攻陷彌勒州曲江所，又進攻臨安和甯州，遠近震動。
巡撫王伉、總兵官沐天波抵抗不住，王伉被抓獲。
朱燮元派部隊進攻，于是投降了。
龍場壩鄰近大方，安邦彥把它送給奢崇明。
奢崇明被消滅後，總兵侯良柱想派部隊屯守來擴大自己的地盤。
而安位認為原是自己的土地，多次發動軍隊争奪，朱燮元不禁止他們。
正好朱燮元彈劾侯良柱不稱職，侯良柱也攻擊朱燮元有意庇護安位，接受他的重禮。
疏章交給四川巡按禦史劉宗祥。
劉宗祥也揭發朱燮元受賄，還認為龍場、永甯不設置城邑、衛所是欺騙行為。
皇帝以此責備朱燮元。
朱燮元于是上疏說：“駕馭土著的辦法，來降就安撫他們，不一定要用武力解決。
現在水西已向國家求和，我們的任務隻是劃定他們的疆界，讓他們自己種田放牧，來繳納國家賦稅，假若派官屯兵，這一帶地方四面懸隔，中間被河水限制，對相互呼應支援不利，築城邑防守渡口，運費煩多。
況且這樣一來對内會激發蔺州的死鬥，對外又挑起扼制水西咽喉要道的嫌疑，戰争一旦發生，不能夠輕易停止，這不是國家的長遠打算。
”皇帝還沒有同意。
後來勘查那一帶地方，果然跟朱燮元說的一樣。
讨論桃紅壩的功勞，提升為少師，世代蔭封錦衣指揮使。
一品官六年滿朝，加封左柱國。
再次讨論平定叛亂的功勞，世代蔭