封錦衣指揮佥事。
崇祯十年(1637)，安位死，沒有後代，同族的人争着襲位。
朝廷議論又想在那裡設置郡縣收歸國有，朱燮元極力争論。
于是傳令土著首領，宣布皇上的威德。
各土著争相交納土地，獻出重器。
朱燮元于是劃分土地，分封給各蠻民。
又上疏說：
“水西有宣慰使的土地，有各頭人的土地。
宣慰使所有的公有土地，應該交還國家，各頭人的私有土地。
應該交給他們分别把守，登記他們的戶口，征收他們的賦稅，風俗不同但心向朝廷，等于是國家登記在冊的人民。
大方、西溪、谷城、北那險要的地方。
築城派兵把守，足以制止叛亂。
西南邊境，都是荒服，楊氏在播州造反，奢氏在蔺州造反，安氏在水西造反。
雲南的定番，是一個小州。
有十七個長官司，數百年來沒有人造反。
并不是其他苗民喜歡叛亂，而是定番人性情忠順，土地太大成了土著飛揚跋扈的資本，勢力弱小就隻有保全自己了。
現在微臣分割水西的土地，将它分封給土著首領和有功的漢人，讓他們世世代代守住土地。
廢除所有的苛捐雜稅和殘暴政治，參照統治漢人的辦法，可以使這裡長治久安。
”
于是陳述這樣做的九種好處：
“不設郡縣設置軍衛，順應當地的習俗，土著漢人平安相處，是好處之一。
土地得到進一步開墾，部落日益繁盛，疆界已經劃定，土著頭目不能随便侵吞百姓的土地，是好處之二。
貴州土地荒涼貧瘠，仰給于外省。
現在自食其地，減免了運輸糧食的勞苦，是好處之三。
有功勞的将士，賞賜給金錢則國庫會空虛，賞賜給官爵則貶低了爵稱，賞賜給土著的田地，對國家并無損害，是好處之四。
既然世襲他們的封土，各自為他們的子孫做長遠打算，就不會發生叛亂，是好處之五。
讓他們大小相維持，輕重相制約，沒有事情時便和平相處，一旦出現事變就派兵制止，是好處之六。
訓練民兵，在河上顯示武力，使賊人的殘餘分子不敢有非份之想，是好處之七。
軍民願意耕田的就給他田地，一邊耕田一邊防守，衛所自食其力，沒有勾結軍隊的弊病，是好處之八。
軍隊耕田作為軍饷，農民耕田交納賦稅，用屯田來督促農耕，不局限他們的籍貫身份，用農耕來聚積人民，不讓他們做世襲的軍人，是好處之九。
”
皇帝都同意了。
不久，招撫的土著頭人有的反叛了，各将領方國安等部被打敗，朱燮元被貶了一級官職。
此後，最終還是消滅了叛亂者，崇祯十一年(1638)春天死在任上，終年七十三歲。
朱燮元身長八尺，肚大十圍，有二十個人的飯量。
長期鎮守西南，軍費贖金，每年不下數十萬，全都交給官府。
辦事明智，來往軍事信件，不需要幕僚幫忙。
在軍事上老成持重，計劃安排好了然後作戰，尤其善長使用離間之計。
使用人才都能發揮他們的長處。
犯法了，即使是自己親近的人也一定要受罰；有了功勞，即使是奴仆也不會忘記賞賜他們。
用忠誠和信義管理土著民族，不随便濫殺無辜，苗民懷念他。
當初在陝西做官時，遇到一位老翁，跟他一同乘車回家，老翁将風角、占候、遁甲的技術全都傳給了他。
将要分别時，對朱燮元說：“希望愛惜自己，将來西南有事，恩公能主持它。
”内江牟康民是一位奇士，戰争還沒有發生時，對别人說：“四川将要出現大動亂，平定動亂的莫不是朱公麼？”後來真是這樣的。