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吳昌時非常痛恨他，認為他出賣了自己，跟好朋友東廠理刑吳道正商量，揭發丁憂侍郎蔡奕琛行賄薛國觀的事實。
皇帝聽說，更加懷疑薛國觀。
崇祯十三年(1640)六月，楊嗣昌外出督師報告了一些事情。
皇帝命令草拟谕旨，薛國觀于是草拟谕旨進呈。
皇帝于是發怒，交給五府九卿科道讨論。
掌都督府魏國公徐允祯、吏部尚書傅永淳等人不知道皇帝的意圖，議論很輕，請求命令他緻仕或閑住。
皇帝猜到科道一定會這樣說，唯獨給事中袁恺沒有在意見書上簽名，并且上疏追究傅永淳以洩私人感情包庇的罪狀，而稍微诋毀薛國觀輕狂放肆，嫉妒成性。
皇帝不高興，将奏疏扔到地上說：“這叫什麼檢舉報告！”于是剝奪薛國觀的官職，讓他回家，皇帝的憤怒還沒有平息。
薛國觀離開北京城，車隊浩蕩，偵探向皇帝報告了。
東廠派到薛國觀府邸的偵察員正好碰上王陛彥到來，抓住他，獲得他招搖過市、串通賄賂的情況，供詞牽連到傅永淳、蔡奕琛以及通政使李夢辰、刑說主事朱永佑等十一人。
命令将王陛彥交司法部門追問。
不久，袁恺再次上疏，一舉揭發薛國觀受賄的種種惡行，傅永淳、蔡奕琛參與其間。
薛國觀接連上疏辯解，诋毀袁恺受吳昌時指使，皇帝不采納。
到了十月，王陛彥的案子沒有了結，皇帝以為他行賄有真憑實據，立即命令将他棄市，并派使者逮捕薛國觀。
薛國觀拖延時間，第二年七月進入都城。
命令他在外邸待命，不把他交給官吏，薛國觀自認為一定不會死。
八月初八夜晚，監刑的人來到他門口，薛國觀還在酣睡中，等到聽說來人都穿着紅衣服，急急忙忙地說：“我要死了。
”匆忙之間找不到自己的小帽，随便拿了頂傭人的帽子扣在頭上。
宣讀诏書完畢，叩頭不能出聲，隻是說：“吳昌時殺我。
”于是被吊死。
第二天，使者回報。
又過了一天，同意收屍裝殓，吊在屋梁上已經有兩天了。
輔臣被羞辱而死的，從世宗夏言之後，這是第二人。
司法部門判他贓款九千兩，沒收田地六百畝，住宅一區。
薛國觀陰險嫉妒，然而還不至于定他死罪。
皇帝僅僅因為私憤就殺了他，因為貪贓之事也不能落實，有人覺得挺冤。