帝都采納了。
新甲又講了兵部事務的四個要點及軍事方面存在的四種失誤，莊烈帝就命令他加以整頓。
十四年(1641)三月，賊寇打下洛陽、襄陽，福王和襄王兩位藩王遇害，莊烈帝讓新甲貶官三級繼續任職。
按照原先的規定，府、州、縣城郭失守的，長吏要判處死刑。
宛平知縣陳景建議說村鎮被焚掠三處的，長吏也應當判處充軍。
新甲同意他的意見，就上書說：“各級官員能兼顧城鄉的，就給以記功；如果四面的郊區受到攻打，與贻誤軍機同罪。
”莊烈帝聽從了他。
不過當時中原各地都是強盜，他的辦法并不能完全執行下去。
楊嗣昌死在軍隊裡，新甲推薦丁啟睿過去接任，議論的大臣都埋怨他用錯了人。
不過傅宗龍、孫傳庭當時都因為一點小罪被關在監獄裡，新甲在召對時稱贊他們的才幹，退出來後又上書極力推薦。
他們兩個得到重新任用，都是靠新甲出的力。
不久評論邊境上秋防的戰功，新甲恢複了貶下的三級。
當時錦州被圍困很多天了，外邊的援兵斷絕。
有士兵從錦州逃出來，傳祖大壽的話，請大部隊用車營逼過去，但不要輕易開戰。
總督洪承疇召集了幾萬部隊過去增援，也沒敢決戰。
莊烈帝召新甲問解圍的辦法，新甲請讓自己跟閣臣及侍郎吳生生商量後再說，然後講了十可憂、十可議，又派職方郎張若麒過去和承疇當面協商。
若麒還沒回來，新甲就請求讓官軍分四路夾攻。
承疇認為兵力分散勢力就會削弱，主張穩重一些，坐以待敵，莊烈帝認為承疇的意見是對的，可是新甲堅持自己以前的意見。
若麒這個人一向狂妄，看到部隊稍有一些斬獲，就認為可以立即解除包圍。
他用機密奏疏把這些講給了莊烈帝。
新甲又寫信過去催促承疇出兵，承疇被新甲的話所感動，又接到皇上的秘密指示，就不敢再堅持原先的意見了。
若麒加緊催促諸将進兵，諸将在八月裡開到松山紮營，被我大清部隊打敗，大肆逃散，士卒死掉幾萬人。
若麒從海路逃回，谏官請治他的罪，新甲竭力庇護他，又讓他到關外去監軍。
錦州之圍沒解除，承疇又在松山被圍，莊烈帝深以為憂，新甲也沒辦法解救。
十五年二月，禦史甘惟火榮彈劾新甲缺乏謀略，耽誤國事，請馬上要他舉賢自代，莊烈帝沒有聽他。
三月，松山、錦州相繼失守，若麒又從甯遠逃回。
言官彈劾若麒的，都連及新甲。
新甲屢次請求罷任，莊烈帝都不允許。
新甲很有才幹，曉習邊事，但是不能以廉潔自持，所使用的都是他欠了人情債的軍官。
他和宮廷中的宦官深相結交，引以為援，其中與司