東作戰之際，姑且以議和來延緩時間。
等敵人知道時，三城已修建完畢。
或守或戰都在關門以外四百裡的地方，我朝的邊防也就可以固如金湯了。
”熹宗以贊賞的口氣回答說知道了。
當時率教駐軍錦州，監護修築城牆，朝廷任命尤世祿來取代他，又讓左輔擔任前鋒總兵官，駐守大淩河。
世祿沒有到，左輔也沒有入守大淩，五月十一日，大清軍兵直抵錦州，四面圍城。
率教同宦官紀用環城防守，同時派使者議和，想赢得時間等來援兵，使者往返三次沒有效果，大清兵的圍困更加緊了。
崇煥因為甯遠的兵力不可以調動，就選精騎兵四千人，命令世祿、大壽帶領，繞到大清軍的後面開始決戰。
另外又派水兵在大清軍東面作戰，牽制清朝兵力。
并且請求發動薊鎮、宣、大的兵力，在東面護守關門。
朝廷已經命令駐守山海的滿桂移駐前屯，駐守三屯的孫祖壽移駐山海，駐守宣府的黑雲龍移駐一片石，薊遼總督閻鳴泰移駐關城；又派昌平、天津、保定的軍隊奔赴上關；發書給山西、河南、山東等地的守臣整頓隊伍随時聽候調遣。
世祿等将要出發時，大清已在二十八日分兵開往甯遠。
崇煥與宦官應坤、副史畢自肅督兵登城拒敵，派兵躲在壕溝内，用大炮擊敵。
而滿桂、世祿、大壽在城外作戰，傷亡累累，滿桂身中數箭。
大清軍不久也就引退，派更多兵力攻打錦州，因為天熱無法攻下，士兵損傷衆多，六月五日也率兵歸還，順勢摧毀大、小淩河兩座城池。
這次戰役當時被稱為甯錦大捷，滿桂、率教立功最多。
忠賢于是讓他的黨羽說崇煥不救錦州是暮年衰弱氣象，崇煥于是請求辭職。
朝廷内外正争着頌揚忠賢，崇煥沒辦法，也請求為他建立生祠，最終還是得不到忠賢的歡心。
七月朝廷允許他離職，讓王之臣接替他做督師兼遼東巡撫，駐兵甯遠。
等到論功時，文臣武将被晉級蔭封者有幾百人，忠賢的孫子也封了伯，而崇煥隻是升了一級。
尚書霍維華不平，上疏請求辭讓給自己的蔭封，忠賢不允許。
不多久，熹宗逝世，莊烈帝即位，忠賢被誅殺，削了過去冒領軍功封賞者的官職。
朝廷大臣争着請求召回崇煥，這年十一月，袁崇煥被提升為右都禦史，掌管兵部添注左侍郎的事務。
崇祯元年(1628)四月，被任命做兵部尚書兼右副都禦史，督管薊、遼兩地軍隊，兼登、萊、天津的軍務，上司敦促他走馬上任。
七月崇煥入都，先上疏陳述軍事。
莊烈帝在平台召見他，對他深加慰勞，并向他咨詢用兵方略。
他說：“用兵方略已經全部寫在奏章中了。
臣受陛下的特别寵信，希望能給我以便宜行事的權力，估計五年内，全遼可以恢複。
”莊烈帝說：“你能收複遼地，我決不吝啬封侯之賞。
你努力平息天下的動亂，你的子孫也會享你的福的。
”崇煥磕頭謝恩。
莊烈帝退朝稍事休息的時候，給事中許譽卿向崇煥詢問五年内收複遼地策略。
崇煥說：“皇上為這事心中焦急，我姑且用這話安慰他罷了。
”譽卿說：“皇上英明，你怎能随便回話呢？以後按期責取成功，你怎麼辦？”崇煥茫然不知所雲。
一會兒，皇帝出朝，崇煥上奏說：“遼東軍事本來就不容易成功。
陛下既然交由我來辦，我怎麼敢因難而推辭？隻是在五年内，戶部轉給軍饷，工部供給器械，吏部選派官員，兵部調兵遣将必須朝廷内外事事相互照應，才有可能取得成功。
”莊烈帝按他所說，發布诏書告誡了四部大臣。
崇煥又說：“依我的能力，制服全遼的疆土有餘，可是統一衆人的議論力量就不足了。
我一出國門，就踏上了萬裡征途。
朝中忌能妒功的，總是不乏其人。
就是他們不能以權力牽制我，也能用意見來打亂我的謀略。
”莊烈帝站起來側耳傾聽他的話，告訴他說：“您不必為此憂慮，我自有主張。
”大學士劉鴻訓等請收回之臣、滿桂的尚方寶劍，賜給崇煥，并給他便宜行事的權力。
莊烈帝都一一答應，并賜崇煥酒馔，然後散朝而去。
崇煥因為以前熊廷弼、孫承宗都被人誣陷、排擠，不能實現他們的抱負，上書說：“收複遼地的計策，不外乎以前我用遼人守遼土，用遼土養遼人，守為正招，戰為奇招，和為旁招的說法。
實施之法在于逐步實行而不能求快，在于實實在在而不能務虛。
這是我和守邊的大臣們所能做到的。
至于負責用人的大臣和任用有作為的官員，都由皇上您掌握其關鍵。
怎樣才能任而無貳，信而無疑？大概說來駕馭邊臣與朝臣的辦法不同，軍隊中可驚可疑的事特别多，皇上隻應當看他成敗的大局，沒必要抓住邊臣一言一行的小過錯不放。
邊臣負擔的責任重大，對他們的埋怨實在很多。
凡是有利于邊疆的舉動，對将領自己都不利。
何況攻敵緊急，敵人也會從中離間大将，所以當邊疆守臣實在很難。
陛下愛護我信任我，我何必過多疑慮懼怕呢？隻是心中意識到自己有危險，不敢不報告。
”莊烈帝以安慰的诏書回答了他，并賜給他蟒玉、銀币，他上書辭讓蟒玉，沒有接受。
這個月，川、湖軍隊戍守甯遠的，因為軍饷缺發達四個月之久，起來喧鬧，其餘的十三個營起來響應他們，把巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳綁了去，囚禁在城牆上的碉樓裡。
自肅受重傷，兵備副使郭廣剛到，親自保護自肅，收集撫賞金和不動金二萬兩用以平息事态，數目不足，又從商人百姓那裡借貸五萬兩給他們，事情才得以解決。
自肅